В вопросе о священных образах Иона особо выделял почитание Святого Креста. Являясь подлинным орудием Спасения, Крест и его изображения обладают животворящими свойствами. Отрицание Клавдием необходимости почитать Святой Крест Иона оценивал как богохульство. Он также выступал в защиту почитания св. мощей (что отвергал Клавдий), указывая на несомненную древность этой благочестивой практики. Аргументы в защиту почитания св. мощей Иона заимствовал, в основном, из сочинения «Против Вигиланция» Иеронима Стридонского. Иона защищал душеполезную практику паломничества, поскольку в гробницах святых, считал он, пребывает благодать. Объясняя различие между священными изображениями и мощами святых, указывал на то, что святые живут в Боге и могут передавать почитателям дарованную им благодать. В качестве примера приводит паломничество к гробницам апостолов в Риме: власть апостолов «вязать и разрешать» сохраняется и после их кончины, поэтому тот, кто исповедуется перед гробницей апостола Петра, получает отпущение грехов от самого апостола. Однако эта благодать не может быть отделена от личности святого. На этом основании Иона отрицает учение о благодатной преемственности от апостола Петра к Римскому папе, т.к. каждый папа как преемник должен сравниться с апостолом по духовному совершенству. Однако человек не может достичь того совершенства, которым обладали апостолы, поэтому мнение о том, что их преемники восприняли всю полноту апостольской власти (jura judicatoria), является, по мнению Ионы, абсурдным. Власть принадлежит апостолам даже после их смерти, она не может переходить к их преемникам. Изложенную Ионой позицию, которую разделяли многие франкские иерархи, обычно называют «каролингским галликанизмом». В своих произведениях Иона демонстрирует широкую эрудицию и знание многих античных авторов, однако в отличие от других писателей каролингской эпохи (Алкуина, Теодульфа Орлеанского) он берёт за образец христианскую литературу – Вульгату и творения Иеронима Стридонского, а не классические латинские произведения Вергилия и Саллюстия. Греческие авторы известны Ионе только в латинских переводах (некоторые гомилии Иоанна Златоуста, комментарии Оригена на книги Исход и Левит в переводе Руфина Аквилейского, исторические произведения Евсевия Кесарийского в переводах Руфина и Иеронима Стридонского). Из латинских отцов церкви Иона был знаком с произведениями Киприана Карфагенского, Лактанция, Амвросия Медиоланского, Иеронима Стридонского и Августина Блаженного, а также менее известных галльских авторов VI в. – Кесария Арелатского и Юлиана Померия (сочинение «О созерцательной жизни» Юлиана Померия было известно Ионе как творение Проспера Аквитанского); в круг его чтения входили сочинения папы Римского Григория I Великого (Двоеслова), Исидора Гиспальского (Севильского) и Беды Достопочтенного, а также его старшего современника Алкуина. Богословские и экклезиологические воззрения Ионы исследователи считают показательными для каролингской эпохи. Как и многие его современники, он придерживался умеренного иконоборчества и высказывал скептическое отношение к тезису о папском примате. Иона разделял идею неразрывной связи между государством (империей Каролингов) и церковью, интересы которых даже с формальной точки зрения не могли, по его мнению, различаться. Его выступление против Реймсского архиепископа Эббона и верность императору Людовику Благочестивому были не только политическим актом, но и проявлением личного благочестия. Иона рассматривал измену Эббона императору как церковное преступление, поэтому участвовал в суде над нарушителем канонов.