И в решениях Собора, и в трактате Ионы подчёркивается верховенство духовной власти над светской: священники (sacerdotes) имеют право судить (judicare) короля, в то время как священной обязанностью других подданных является безоговорочное подчинение властителю. Иона трактует королевскую власть как полученную непосредственно от Бога. Король или император является Божьим наместником (vicarius Dei) или слугой (minister Dei), а правление суть служба Господу (ministerium, officium) для обеспечения «мира и согласия» (pacem et concordiam). По мнению Ионы, монарх мог править, лишь обладая определёнными нравственными качествами и являя собой пример благочестия для своих подданных. Образ идеального монарха был отчасти заимствован из сочинения ирландского автора второй половины VII в. Псевдо-Киприана «De duodecim abusivis saeculi» («О двенадцати грехах мира»); и в актах Собора, и в сочинении Ионы приводятся обширные цитаты из Псевдо-Киприана. Согласно ирландскому автору, властителю надлежит быть праведным и справедливым судьёй, защитником слабых. Справедливость и благочестие короля должны способствовать установлению мира и порядка, в то время как несправедливый король, которого следует считать тираном, не только понесёт наказание от Господа Бога, но и передаст своим наследникам разрушенную и опустошённую страну. Описывая идеального государя, Иона ссылается на образ «счастливого императора» (felix imperator), созданный Аврелием Августином (Блаженным) в главе 24 пятой книги  «De civitate Dei ad Marcellinum» («О Граде Божьем к Марцеллину»): счастливый государь неприступен для льстецов, употребляет свою власть на распространение почитания Бога, он правит милосердно и справедливо, не поддаваясь дурным наклонностям. Богословским проблемам посвящено полемическое сочинение «De cultu imaginu» («О почитании икон») против иконоборца епископа Клавдия Туринского. Трактат был составлен по просьбе императора Людовика Благочестивого, но закончен уже после кончины императора и Клавдия и посвящён королю Карлу Лысому. Иона отстаивает общую для франкских церковных иерархов точку зрения, получившую отражение в «Libri Carolini» и в постановлениях Парижского собора 825 г., согласно которой отвергались как иконоборческий запрет на священные изображения, так и определение седьмого Вселенского Собора о том, что честь, воздаваемая иконе, относится к её первообразу (соборное определение в целом поддерживалось Римским престолом). Противоречие между позициями Папского престола и франкских иерархов не привело к открытому конфликту, т.к. франкское богословское осмысление почитания икон носило сугубо теоретический характер. Тем не менее, некоторые прелаты, в том числе епископ Клавдий Туринский, выступили активными сторонниками иконоборчества, выносили из храмов иконы и уничтожали их. Критикуя действия Клавдия, Иона указывал на полезное эстетическое воздействие церковного убранства и изображений святых, которые являют верующим духовную красоту христианской религии и помогают наставлять в благочестии необразованных людей. Однако богословская основа рассуждений Ионы близка позиции Клавдия, т.к. он не выходил за рамки признания утилитарно-дидактической ценности изображений. Отрицая наличие в иконах особенной благодати, свойственной священному образу как таковому, Иона соглашался с тезисом, что поклонение иконам неуместно. Подобные идеи, звучавшие в послании византийских императоров Михаила II и Феофила к франкскому императору Людовику Благочестивому, получили одобрение участников Парижского собора 825 г.