Важнейшие произведения Ионы – «De institutione regia» («О наставлении королей»; с посвящением королю Аквитании Пипину) и «De institutione laicali» («О наставлении мирян»; с посвящением Матфреду, графу Орлеана). Оба трактата близки по содержанию, некоторые главы совпадают. Несмотря на тесную связь трактатов, в сочинении «О наставлении королей» речь идёт, в основном, о политической деятельности, тогда как в сочинении «О наставлении мирян» сделан акцент на морально-этических проблемах. В рассуждениях о нравственной стороне политической деятельности автор опирался на Священное Писание и творения отцов церкви, соединяя, как и другие писатели каролингской эпохи, политические вопросы и нравственное богословие, которое Иона, в свою очередь, тесно связывал с церковной жизнью христианина. Отстаивая приоритет христианской нравственности, автор критиковал светское законодательство; по его мнению, оно нередко покровительствовало греху и оправдывало преступления сильных мира сего. Однако, касаясь вопроса семейных отношений, Иона проявил снисхождение к нравам эпохи и к привычкам некоторых представителей светской знати. Трактат «О наставлении мирян» по ряду положений близок к последним пяти канонам Парижского собора 829 г., несмотря на то что там речь шла о монахах, а Иона применил эти правила к мирянам. Это сочинение было, как полагают исследователи, создано до Собора (не позднее 828 г., когда Матфред утратил должность графа). Таким образом, участники Собора под влиянием Ионы работали над составлением соборных канонов. Трактат «De institutione regia» относится к типу «княжеских зерцал» (нем. Furstenspiegel; к ним причисляют также трактаты «Via regia» («Способ правления») Смагарда, созданный для императора Людовика Благочестивого, «Liber de rectoribus Christianis» («Книга о христианских государях») Седулия Скотта, написанная для Карла Лысого или для Лотаря II, и «De regis persona et regio ministerio» («О персоне правителя и королевском служении») Гинкмара Реймсского, созданный для Карла Лысого) и продолжает традицию посланий к князьям и королям (среди наиболее ранних таких посланий – сочинения Ремигия Реймсского, св. Бонифация и др.). Идеи, высказанные на Парижском соборе 829 г. и изложенные в трактате Ионы, были сформулированы под влиянием напряжённых отношений между светскими властителями и епископами в последние годы правления императора Людовика Благочестивого и впоследствии оказали воздействие на средневекову. экклезиологию и политическое учение. Главными темами трактата «De institutione regia» стали образ нравственного и законного монарха, характер его власти и отношения с духовенством, трактуемые Ионой согласно решениям Парижского собора 829 г. (идейным вдохновителем Собора был сам епископ Орлеанский). На Соборе было утверждено учение о церкви как о теле Христовом, объемлющем всех верующих. Подобное «расширительное» толкование понятий церкви и тела Христова было дополнено геласианской моделью разделения властей на светскую и духовную (см. ст. Двух мечей теория): согласно соборным решениям, в мистическом теле Христа (corpus Christi) сосуществует два лица (personae): одно является светским, другое – духовным.