По мнению исследователей, борьба с персами, а затем обустройство восточных провинций и противостояние арабам воспринимались Ираклием I как более важные проблемы. Больше десятилетия ушло у правительства Ираклия I на поиски средств на отражение внешних вторжений. После разгрома под Антиохией в 613 г. Ираклий I долгое время не мог содержать боеспособную армию, скорее всего, из-за нехватки финансов. Исследователям известно о ряде мер в 610 гг. по сокращению расходов казны. Сохранилось распоряжение Ираклия I, утверждавшее состав клира собора Святой Софии в Константинополе в 612 г. Одной из основных целей Ираклия I было урезать штат церковного чиновничества. По мнению исследователей, в это время издавались подобные распоряжения относительно большинства государственных ведомств, хотя прямых указаний на это у исследователей нет. В 615 г. (или несколько позднее) Ираклий I ввёл в обращение новую серебряную разменную монету – гексаграмм (вес 6,75 г), что также должно было способствовать оживлению денежного обращения и притоку средств в казну (RegImp, N 167; Chron. Pasch. P. 706; Hendy. 1985. P. 494-495). Ираклий I И. неоднократно прибегал к конфискациям церковных сокровищ и владений. Важная реформа, которую исследователи традиционно связывают с правлением Ираклия I, – введение первых византийских фем как нового типа военной организации. Фемами являлись особые районы, где служившим в армии воинам предоставлялись земельные наделы, обеспечивавшие их средствами для жизни и для покупки военной экипировки. С введением фем византийская армия постепенно перешла от системы найма солдат за плату (денежную или натуральную) к системе военных земельных наделов, что позволяло сохранять военный потенциал в условиях общего упадка торговых отношений и слабости государственных финансов (из-за недостатка источников по этой проблеме время и обстоятельства возникновения фем и происхождение термина остаются предметом научных дискуссий). Большинство исследователей вслед за Георгием Александровичем Острогорским согласились с тем, что фемы в Византии формировались между концом VI в. и концом VII в. и, скорее всего, их впервые ввёл именно Ираклий I. Это заключение основано, в первую очередь, на сообщении Феофана Исповедника о том, что весной 622 г. Ираклий I выехал из Константинополя к войскам «в области фем», т.е. в это время процесс создания новых военных соединений уже шёл и, вероятно, был инициирован правительством Ираклия I. Но исследователи считают, что сообщение преподобного Феофана, работавшего в начале IX в., может быть анахронизмом: Феофан упоминает, что уже в 612 г. Ираклий I делал смотр войска, разделённого по фемам. Так или иначе, первые сведения о существовании фем в Византии связаны с эпохой Ираклия I. Если предположения о фемной реформе Ираклия I верны, то она стала наиболее существенной из мер, которая привела к неожиданному возрождению византийского военного и политического могущества в 620 гг. С осени 621 г. Ираклий I переехал в загородный дворец в Иерии (азиатский пригород Константинополя) и занялся подготовкой войск в лагерях в Вифинии. 5 апреля 622 г., на второй день Пасхи, состоялось торжественное прощание Ираклия I со столицей и двором. После богослужения в соборе Святой Софии было проведено шествие войск во главе с императором, который держал в руках знамя с изображением Спасителя.