На Украине иоанниты решительно выступали против украинизации церковной службы (даже чтения Евангелия на украинском языке). В 1927 г. в Паланке прошли аресты, однако руководителям общины удалось скрыться. В 1928 г. подольские иоанниты присоединились к иосифлянской общине священника Ферапонта Подолянского, стали посещать иосифлянские храмы. По поручению священника Ферапонта монахиня Анна (Шитько) ездила к митрополиту Иосифу (Петровых) и архиепископу Димитрию (Любимову); полученные от них послания распространялись среди верующих. В 1929 г. иоанниты перешли под окормление иосифлянского Бахмутского епископа Иоасафа (Попова), рукоположившего Г.Н. Никитина (ум. в 1930 г.) во иерея. Епископ Иоасаф считал, что иоанниты являются сектантами, и, хотя соглашался окормлять их, пытался убедить иоаннитов отказаться от своих заблуждений. Монахиня Пелагея (Бойко) из скита в Паланке позднее участвовала в организации тайного молельного дома в селе Ольговском (ныне Запорожская область Украины). Отдельные иоанниты были и в иосифлянской общине священника Ивана Георгиевича Скадовского в Херсоне. Все эти общины были разгромлены в 1930–1931 гг., их члены приговорены к длительным срокам заключения или расстреляны. В 1929 г. в Уфе принадлежавший к течению «непоминающих» Уфимский епископ Иов (Афанасьев) и некий приглашённый с Кубани епископ Нектарий тайно хиротонисали архимандрита Агафангела (Садовскова) во епископа для окормления местных иоаннитов. Епископ Агафангел придал иоаннитским общинам в Уфе, Златоусте, а позже и в других местах правильное церковное устройство, укрепил их организационно, принял меры к преодолению сектантских элементов в вероучении. Все члены общин приняли от него «монашество тайного пострига»; некоторые иоанниты были рукоположены во диаконы и во иереи. Иоаннитские общины, окормляемые епископом Агафангелом, вышли из-под руководства архимандрита Досифея (Пустошкина), «считая последнего неблагодатным, как человека честолюбивого и любящего серебро». В результате в иоаннитстве образовалось «автономное» течение епископа Агафангела, развитие которого шло по пути формирования тайных, катакомбных общин. Их деятельность носила более законспирированный характер, чем у традиционных иоаннитов. Агафангеловцы прекращали посещение открыто действовавших храмов и сооружали собственные тайные молельни. Первую из них устроил епископ Агафангел в подвале дома Уфимской общины. Такие же молельни были оборудованы в Златоусте, Перми, Челябинске, Армавире, Баку и других городах. Богослужения в них они начинали обычно в полночь. Помимо домов с тайными молельнями устраивались так называемые убежища – приобретённые на имена членов общин дома в разных городах. Епископ Агафангел служил только тайно, постоянно находясь в разъездах для посещения общин. В 1929 г. он был возведён своими сторонниками в сан архиепископа. Начало 1930 гг. явилось временем интенсивного распространения катакомбных общин агафангеловского течения, которые появились на Урале (Челябинск, Златоуст, Свердловск, Пермь), в Поволжье (Ульяновск, Киров), на Кубани (Краснодар, Майкоп, Ростов-на-Дону) и Кавказе (Баку, Грозный, Армавир). К епископу Агафангелу примкнули и члены уничтоженных или распавшихся групп, подчинявшихся В.Ф. Пустошкину.