Весной 1670 г. его посланец брацлавский протопоп Роман Ракушка при содействии турецких властей получил от патриарха Мефодия III подтверждение настольной грамоты Иосифу. 8 апреля по ходатайству посланца патриарх выдал грамоту, в которой угрожал гетману Д.И. Многогрешному «проклятьем», если тот не вернёт незаконно захваченное имущество Романа. Располагая таким документом, Иосиф через своего посланца Мартирия стал требовать, чтобы гетман разослал универсал о подчинении левобережного духовенства его власти, угрожая в противном случае огласить в храмах патриаршую грамоту. Гетман летом 1670 г. обратился в Москву, где было принято решение отклонить требования Иосифа. Гетмана решительно поддержал Лазарь (Баранович), доказывавший в особом письме к царю, что Иосиф не должен вмешиваться ни в духовные, ни в мирские дела Левобережного гетманства. После предпринятых в Константинополе усилий патриарх в октябре 1670 г. послал гетману своё благословение. Как утверждается в «Летописи самовидца» и в хронике Александра Ивановича Ригельмана, сторонники П.Д. Дорошенко задержали в Могилёве епископа Иосифа (Шумлянского) в январе 1671 г., во время объезда им своей епархии. П.Д. Дорошенко «велел взять и привесть его в Чигирин со всем его клиром, что видя, народ, случившийся на ярмарке тут крещенской, такому усильному взятию архиерея соболезновал, а потом дали немедленно о сём знать Киевскому митрополиту (Иосифу), который коль скоро к Дорошенке об отпуске епископа того просительно отписал, тотчас отпустил тот его по-прежнему». Причины ареста Иосифа (Шумлянского) исследователям неясны; по их мнению, арест стал следствием попыток последнего добиться у короля привилея на должность администратора Киевской митрополии в Речи Посполитой. В эти годы периодически распространялись слухи о намерениях Иосифа посетить Киево-Печерский монастырь, где он хотел похоронить прах митрополита Дионисия (Балабана-Тукальского). Ещё в конце весны 1671 г. шла речь о намерениях П.Д. Дорошенко и Иосифа приехать в Киев для молитвы у мощей Киево-Печерских чудотворцев. Новые надежды на возвращение Левобережья под власть Иосифа были связаны с проходившими на рубеже 1671 и 1672 гг. тайными переговорами между П.Д. Дорошенко и Д.И. Многогрешным, в которых митрополит принял активное участие. Гетмана Д.И. Многогрешного убеждали, что султан защитит объединившиеся украинские земли и от России, и от Польши. Брату гетмана Иосиф писал, что надеется вскоре при содействии Д.И. Многогрешного «в Киеве святым поклониться и там быть». Однако в марте 1672 г. Д.И. Многогрешный был арестован, и задуманный план не осуществился. К этому времени окончательно испортились отношения Иосифа с Киево-Печерским монастырём. По приказу митрополита архимандрит Феодосий (Василевич), ставший по королевскому привилею от 20 апреля 1672 г. епископом-номинантом Мстиславско-Могилёвско-Оршанским (до этого управляющим епархией формально являлся Иосиф), занял имения Киево-Печерского монастыря Печерск и Барсуки под Могилёвом, а также село Дятловичи Пинского повета, что было утверждено указанным привилеем. Иосиф в конце 1660 гг. собирался утвердить Феодосия епископом, но в 1670 г. между ними произошёл конфликт, связанный с тем, что Феодосий встречался в мае 1670 г. с папским нунцием в Польше Ф. Марескотти.