В труде Иосифа есть ссылки на диалог-памфлет Эразма Роттердамского «Цицеронианец, или Лучший способ произнесения речи», а также на сочинения Юста Липсия, Иеронима Осорио, Винсента из Бове, Рудольфа Агриколы, Якопо Забареллы, польских писателей Т. Дрезнера и Шимона Шимоновича, С. Ориховского-Роксолана. Сохранился также сборник лекций Иосифа по логике «Учебник по логике, или Введение в логику» (Институт рукописей Национальной библиотеки Украины имени В.И. Вернадского), прочитанных, как значится в рукописи, в Киево-Могилянской коллегии в 1639/1640 учебном году и записанных учеником Иосифа Иннокентием (Гизелем). В сборнике помещено также философское сочинение Иосифа «Логические противоречия в универсальной структуре “Органона” Аристотеля Стагирита». Заключительная часть сборника – «Содержание всей логики», как следует из пометы на полях, написана Иосифом в 1640 г. в городе Замостье (ныне Замосць, Польша), где существовало Николаевское православное братство, с которым Киево-Могилянская коллегия поддерживала тесные связи. В «Учебник по логике...» включена посвящённая митрополиту Петру (Могиле) речь, которую Иосиф произнёс перед началом публичного диспута в Киево-Могилянской коллегии. В данном курсе Иосиф рассматривает ряд проблем логики и метафизики, в решении которых он опирается, в первую очередь, на труды Иоанна Дунса Скота, Уильяма Оккама, а также на сочинения представителей «второй схоластики» – католических философов Франсиско Суареса, Каэтана (Томмазо де Вио), Педро да Фонсека, Франсиско де Толедо, с которыми иногда вступает в полемику. В учебнике Иосифа содержатся ссылки на работы Эразма Роттердамского, Липсия, Агриколы. Рассуждая о «двоякой истине» – богословской и философской, Иосиф стремится отделить теологию от философии. Первая, по его мнению, должна заниматься сверхъестественными сущностями, вторая – явлениями, «которые существуют сами по себе». Иосиф считает, что процесс познания природных вещей начинается с чувственного восприятия мира, на основе чего благодаря абстрагирующей деятельности разума формируются общие понятия (универсалии), которые существуют только в «единых вещах» как нечто общее для них. Универсалии – рациональные сущности, с одной стороны, зависят от отдельных вещей, с которыми они соотносятся, а с другой стороны, являются категориями, благодаря которым эти индивидуальные вещи познаются. «Универсальную природу», по мнению Иосифа, можно познать только через познание отдельных вещей. Помимо указанных сочинений перу Иосифа принадлежало включённое Иннокентием (Гизелем) в его учебник «Полный очерк (курс) философии» сочинение «Трактат о душе», открытое в 1950 гг. Петром Михайловичем Пелехом (в настоящее время утеряно). Исследователи не исключают, что перу Иосифа принадлежал также найденный в 1950 гг. XX в. латиноязычный трактат по поэтике киевского происхождения «Liber artis poeticae... A. D. 1637» («Книга о поэтическом искусстве...» 1637 г.), который ныне считается утраченным. Зоя Ивановна Хижняк и Иван Фёдорович Курас приписывают Иосифу трактат «Учение о школах», в котором обосновывается необходимость развития образования на западнорусских землях.