Иоасаф был обвинён в руководстве «Казанской церковно-монархической организацией». Отказался признать себя виновным в «контрреволюционной деятельности», не стал давать показания против других обвиняемых. Заявил следователю, что его неподчинение митрополиту Сергию и поддержка позиции митрополита Кирилла, обвинявшего Заместителя Патриаршего Местоблюстителя в превышении данных ему полномочий, «не имеет никакого политического характера». Сам Иоасаф, по его словам на допросе, во время ссылки был «в отдалении от митрополита Сергия, но не в отделении». В случае если бы он получил возможность личной встречи с Заместителем Местоблюстителя, то «возможно на многое вышеизложенное изменил бы настоящую точку зрения». 5 января 1932 г. приговорён особым совещанием при Коллегии ОГПУ к трём годам исправительно-трудовых лагерей. Иоасаф отбывал срок заключения в Сиблаге на работах при строительстве шахт и добыче угля в Кузбассе. В 1933 г., незадолго до окончания срока заключения, в лагере против него было возбуждено новое дело по обвинению в организации «контрреволюционной церковно-монархической группы». Отказался признать себя виновным. 28 января 1934 г. постановлением особого совещания Коллегии ОГПУ срок заключения Иоасафа был увеличен на два года. В 1936 г., после отбытия срока заключения, вернулся в Казань. Пребывал за штатом. Продолжал переписку с митрополитом Кириллом, принимал у себя верующих. Иногда служил панихиды в кладбищенском храме во имя князя Феодора и чад его Давида и Константина (церковь «Ярославских чудотворцев»). Большую часть получаемого за требы вознаграждения и пожертвования духовных детей Иоасаф отсылал арестованным и ссыльным священнослужителям. В ноябре 1937 г. был вновь арестован. Проходил по одному делу с протоиереем Николаем Троицким (1879–1937 гг.) и тремя монахинями закрытого Богородицкого монастыря. Иоасафа обвинили в «организации контрреволюционного церковного подполья», в «клеветнических измышлениях о гонениях на Церковь в СССР». Иоасаф заявил о своей невиновности в отношении «контрреволюционной деятельности» и отказался отвечать на вопросы следователя. Стремясь облегчить положение других обвиняемых, он сказал, что с ними не общался. 29 ноября 1937 г. Особой тройкой НКВД Татарской АССР приговорён к расстрелу. Казнён вместе с протоиереем Николаем. Похоронен в общей могиле на Архангельском кладбище Казани. Сейчас на этом месте установлен памятник со списком погребённых. В 1981 г. канонизирован архиерейским Синодом РПЦЗ. Имя Иоасафа включено в Собор новомучеников и исповедников Российских определением Священного Синода РПЦ от 23 июня 2008 г. Чин прославления состоялся 19 декабря 2008 г. в Никольском соборе города Чистополя.