В ноябре того же года добился открытия в Казани Богословского института вместо закрытой властями Казанской духовной академии. 12 апреля 1922 г. назначен епископом Чистопольским, первым викарием Казанской епархии. После очередного ареста 15 августа 1922 г. митрополита Кирилла Иоасаф вновь стал управляющим епархией. В то время, когда патриарх Тихон был арестован, а руководство церковью фактически захватили обновленцы, Иоасаф был твёрд в защите православия, но избегал излишней конфронтации во взаимоотношениях с гражданской властью и с обновленцами. Как и митрополит Кирилл, возлагал надежду на то, что ситуация разрешится на поместном Соборе. Хотя Иоасаф не делал заявлений о признании обновленческого Высшего церковного управления (ВЦУ), 1 октября 1922 г. с его согласия в состав Казанского епархиального управления вошли обновленческие священники. «Примиренческая» позиция Иоасафа объяснялась, очевидно, стремлением избежать в случае решительного разрыва с ВЦУ массового закрытия властями казанских храмов или их передачу обновленцам. 4 апреля 1923 г. в Казань прибыл епископ бывший Тираспольский Алексий (Баженов), назначенный ВЦУ «архиепископом Казанским». Иоасаф сначала допустил его присутствие на литургии в соборе Богородицкого монастыря, но потом, когда тот сообщил о своём неканоничном назначении, не позволил ему совершать чин омовения ног и совершил его сам. Вместе с епископами Афанасием (Малининым) и Андроником (Богословским) Иоасаф отказался признать власть обновленческого архиепископа и образованного обновленцами нового епархиального управления. Из-за запрета властей Иоасаф проводил негласные богослужения с поминовением патриарха Тихона и митрополита Кирилла. В Казани из приходских храмов верность патриаршей церкви сохранили только Петропавловский собор и Покровская церковь. Большинство приходского духовенства Казани признали Алексия (Баженова) правящим архиереем, хотя в епархии обновленцев поддержало менее половины приходов. Осталось верным патриарху и большинство епархиальных монастырей. После освобождения из-под ареста патриарха Тихона и издания им 15 июля 1923 г. послания, в котором он определил, что обновленчество – это отпадение от церкви, ситуация изменилось. Собрание казанских приходов признало каноническую власть Иоасафа как заместителя митрополита Кирилла. 20 июля Иоасаф совершил открытое богослужение по праздничному чину в соборе Богородицкого монастыря. В последующие три дня он принимал покаяния и освящал малым чином возвращенные в патриаршую церковь храмы. У обновленцев в Казани осталось только три церкви. Тем не менее, власти отказывались зарегистрировать православное епархиальное управление и запрещали поминовение на богослужениях имён патриарха Тихона и митрополита Кирилла. После доносов обновленцев, обвинявших Иоасафа в «антисоветской деятельности», он был вызван 13 сентября 1923 г. в отдел НКВД, с него взяли подписку о невыезде из Казани. 20 ноября Иоасафу было запрещено служение в храмах, он был вынужден официально передать временное управление епархией епископу Афанасию (Малинину). 15 мая 1924 г. по вызову ГПУ Иоасаф выехал в Москву, где 16 мая был арестован и помещён в Бутырскую тюрьму, 23 августа освобождён с запрещением выезда из Москвы в свою епархию. Поселился в Даниловом во имя Даниила Столпника московском мужском монастыре. Иоасафа нередко причисляют к Даниловской группе непоминающих, хотя о каких-либо связях его с другими архиереями-«даниловцами», позднее участвовавшими во внутрицерковной полемике, исследователям неизвестно.