11 апреля 1925 г. Иоасаф был в числе священнослужителей, совершавших панихиду у гроба патриарха Тихона, а затем его погребение. Присутствовал на архиерейском совещании РПЦ 12 апреля 1925 г., подтвердившем полномочия Патриаршего Местоблюстителя митрополита Петра (Полянского). Вместе с митрополитом Петром вёл переговоры с властями об организации Синода, по просьбе Местоблюстителя и по его черновому тексту составил проект декларации об отношениях церкви и Советского государства, в котором предлагалось «предоставить наиболее многочисленной Православной Церкви права легального свободного существования» (текст не был передан представителям властей из-за отказа митрополиту Петру во встрече с главой советского правительства). 19 ноября 1925 г. Иоасаф был арестован вместе с пребывавшими в Даниловом монастыре архиепископами Гурием (Степановым) и Прокопием (Титовым). Позднее по тому же делу были арестованы архиепископ Пахомий (Кедров), епископы Амвросий (Полянский), Дамаскин (Цедрик), Парфений (Брянских) и др. Иоасаф содержался во внутренней тюрьме ОГПУ. Его обвиняли в том, что он оказывал «пособничество и укрывательство группе монархических епископов и мирян, поставивших своей задачей использование Церкви для нанесения явного ущерба диктатуре пролетариата, путём воздействия на массу и на церковнослужителей». 21 мая 1926 г. особым совещанием при Коллегии ОГПУ Иоасаф был приговорён к трём годам ссылки в Коми (Зырян) автономную область. Затем место ссылки было изменено на село Туруханск, куда Иоасаф прибыл в августе 1926 г. Во время ссылки вёл переписку с митрополитом Кириллом (Смирновым). После появления «Декларации» 1927 г. Заместителя Патриаршего Местоблюстителя митрополита Сергия (Страгородского; впоследствии Патриарх Московский и всея Руси) Иоасаф вместе с митрополитом Кириллом перешёл в оппозицию к митрополиту Сергию (утверждение, что Иоасаф отказался подчиняться митрополиту Сергию из-за назначения управляющим Казанской епархией архиепископа Афанасия (Малинина), исследователи считают ошибочным). В то же время Иоасаф не разделял и крайних взглядов тех противников митрополита Сергия, которые считали безблагодатными таинства, совершаемые в «сергианских» храмах. После окончания ссылки Иоасаф два месяца жил в городе Енисейске, затем был отправлен в город Козмодемьянск Марийской автономной области под административный надзор с запретом на служение в храмах. 30 ноября 1930 г. арестован, переведён в Казань, содержался в тюремном изоляторе Полномочного представительства ОГПУ в Татарской АССР. Проходил по делу «Казанского филиала Всесоюзного центра контрреволюционой монархической организации Истинно-православной церкви» вместе с епископом Нектарием (Трезвинским), бывшими профессорами Казанской духовной академии В.И. Несмеловым, Михаилом Николаевичем Васильевским, Евлампием Яковлевичем Полянским, Иваном Михайловичем Покровским, бывшим ректором Казанского Богословского института протоиереем Николаем Петровым и др.