Память Иоанникия Великого отмечается в Типиконе Великой церкви IX-XI вв. 3 ноября без богослужебного последования. В Студийско-Алексиевском Типиконе 1034 г. он упоминается 3 ноября, служба подробно не описана; в рукописных славянских Минеях студийской традиции (например, Исторического музея, XII в.) последование Иоанникию Великому включает минимальный набор песнопений: канон, цикл стихир, седален. В Евергетидском Типиконе второй половины XI в. память Иоанникия Великого отмечается 4 ноября; последование Иоанникия Великого включает: общий отпустительный тропарь четвёртого гласа, канон, цикл стихир-подобнов (также стихира-подобен поётся на хвалитех вместе со стихирами Октоиха), два самогласна, седален, светилен; кондак Иоанникию Великому не указан, хотя говорится, что если он есть, то поётся после шестой песни канона вместо седальна; на литургии назначаются прокимен Пс. 149:5 со стихом, Апостол 1 Тим. 1:12–17, аллилуиарий Пс. 111:1, Евангелие дня и Иоанникия Великого (без уточнения), причастен Пс. 111:6b. В Мессинском Типиконе 1131 г. под 4 ноября помещён подробный устав службы Иоанникию Великому: вечерня совершается без кафизмы, на «Господи, воззвах» стихиры Иоанникию Великому поются на шесть (цикл из трёх стихир повторяется дважды), славник – самогласен Иоанникия Великого, на стиховне – стихиры Иоанникию Великому, указан отпустительный тропарь Иоанникию Великому плагального четвёртого (т.е. восьмого) гласа «Крестителю подражая, преподобне...»; на утрене поются три антифона (Пс. 91, 96, 111), седален Иоанникию Великому, исполняются два канона: Октоиха и Иоанникия Великого, на хвалитех – стихиры Иоанникию Великому; на литургии на блаженнах – шестая песнь канона Иоанникия Великого, тропарь и кондак Иоанникия Великого, прокимен Пс. 115:6 со стихом, Апостол Гал. 5:22–6:2, аллилуиарий Пс. 111:1, Евангелие Мф. 4:25–5:12, причастен Пс. 111:6b. В Типиконе Георгия Мтацминдели середины XI в. Иоанникий Великий упоминается под 3 ноября, служба подробно не описана. В одной из ранних редакций Иерусалимского устава, сохранившейся в рукописи XII в., память Иоанникия Великого отмечается 4 ноября без богослужебного последования. В первопечатном греческом Типиконе 1545 г. 4 ноября последование Иоанникия Великого поётся вместе со службой Октоиха и с последованием священномучеников Никандра и Ермея; указаны посвящённые Иоанникию Великому песнопения: отпустительный тропарь плагального четвёртого (т.е. восьмого) гласа, кондак плагального четвёртого (т.е. восьмого) гласа, канон, цикл стихир-подобнов, два самогласна; на литургии поётся служба преподобному.