В первопечатном московском Типиконе 1610 г. 4 ноября последование Иоанникия Великого соединяется со службой Октоиха; на «Господи, воззвах» стихиры Иоанникию Великому поются на шесть, на утрене канон Иоанникия Великого – на шесть, отпустительный тропарь и кондак Иоанникия Великого те же, что и в первопечатном греческом Типиконе, Иоанникию Великому также назначаются седален, светилен, две стихиры-самогласна; на литургии чтения те же, что и в Мессинском Типиконе. В исправленном издании московского Типикона 1682 г., к которому восходят современные русские богослужебные книги, 4 ноября служба Иоанникию Великому соединяется с последованием священномучеников Никандра и Ермея (которое в предыдущих изданиях пелось на повечерии) и со службой Октоиха; набор песнопений Иоанникия Великого тот же, что и в издании 1610 г. Последование Иоанникия Великого, которое содержится в современных богослужебных книгах, включает: отпустительный тропарь плагального четвёртого (т.е. восьмого) гласа; кондак плагального четвёртого (т.е. восьмого) гласа с икосом; канон, составленный гимнографом Иосифом, с акростихом «Предтечева тя подражателя хвалю. Иосиф» четвёртого гласа, ирмос; такие песнопения, как цикл стихир-подобнов, стихиры-самогласны, седален, светилен, в греческих и русских Минеях не совпадают. В греческой Минее, изданной в 1888 г. в Риме, содержится иной кондак Иоанникию Великому четвёртого гласа – «В памяти днесь священной твоей...». По рукописям исследователям известны песнопения Иоанникию Великому, не вошедшие в современные богослужебные книги: канон, составленный гимнографом Георгием, с акростихом «Иоанникия почитаю божественными словами. Георгия» четвёртого гласа, ирмос (начало: «Тины уныния, Господи»); канон без акростиха плагального четвёртого (т.е. восьмого) гласа, ирмос (начало: «Мрак меня и тьма беззаконий»); канон, составленный патриархом Мефодием, с акростихом «Иоанникию, отцу христоносному, патриарх Мефодий» плагального четвёртого (т.е. восьмого) гласа, ирмос (начало: «Священнозвучными ликами богоносного преподобного») со второй песнью; канон спорного авторства (Иоанна Монаха или Космы Маюмского) без акростиха второго гласа, ирмос (начало: «Светлейшего поистине и чистейшего»); кондак второго гласа «Чистотой души воссияв ныне...» c икосом, кондак второго гласа с икосом, кондак с икосом, кондак второго гласа; цикл стихир-подобнов, седален. Изображений Иоанникия Великого исследователям известно немного, что объясняется сложностью идентификации образа святого из-за отсутствия сохранившихся пояснительных надписей. Иоанникий Великий изображается в монашеских одеждах, седовласым старцем с заострённой (иногда разделённой на пряди) короткой (или средней длины) бородой. В руках он может держать крест или свиток.