Помимо упомянутых выше пророчеств о кончине императоров Иоанникий Великий предсказал кончину митрополита Никейского Ингера, игумена Агаврского монастыря, монаха Фомы, Евфимия, брата игумена Даниила. В период гонений при императоре-иконоборце Феофиле Иоанникий Великий твёрдо придерживался иконопочитания и дерзко возражал высокопоставленным императорским посланникам, которые приходили обратить его в свою веру. В версии монаха Петра в уста Иоанникия Великого в качестве иконопочитательского исповедания веры вложены слова, принадлежащие другому защитнику православия, патриарху Никифору. Монах Пётр использовал для своей версии и другие произведения антииконоборческой направленности, в частности, Житие Никиты Мидикийского, эпилог которого был почти полностью заимствован монахом Петром. Позже Иоанникий Великий предсказал восстановление иконопочитания и избрание патриархом Мефодия. В Житии Михаила Синкелла содержится подробный рассказ о посольстве от императрицы Феодоры, которое должно было испросить совет у Иоанникия Великого относительно кандидатуры нового патриарха. Иоанникий Великий, обнаруженный ими в лавре пророка Илии, затворился в пещерной келлии и молился шесть дней, после чего вынес посох, повелев вручить его Мефодию, который и должен стать новым патриархом. По сообщению монаха Петра, после Торжества Православия (843 г.) в конфликте Мефодия со студитами Иоанникий Великий принял сторону патриарха; послал патриарху письмо, в котором призывал к стойкости и долготерпению, и пригласил посетить его на Олимпе. Письмо Иоанникия Великого как отдельный документ (рукопись Библиотеки Академии Наук, собрание Белокриницкой митрополии) в начале XII в. было включено в трактат Никиты Ираклийского «О ересиархах). Исследователи полагают, что Мефодий принял это предложение и в 843–845 гг. состоялась встреча, во время которой Иоанникий Великий высказал свои соображения о низложении иконоборческих священников. Около 844 г. Иоанникий Великий спустился в монастырь Антидион. Скончался вскоре после встречи с патриархом Мефодием 1 ноября 846 г., во время которой предсказал скорую смерть предстоятеля. Из Жития Игнатия, составленного Никитой Давидом Пафлагоном, исследователям известно, что Иоанникий Великий также предрёк и избрание патриархом Игнатия. В час кончины Иоанникия Великого оказавшаяся на горе Алсос братия видела, как над горой поднялся к небу огненный столп; у гроба святого в монастыре Антидион произошло много чудес. В синаксарных заметках указывается, что память Иоанникия Великого совершалась в константинопольском монастыре Каллистрата. Славянская версия его Жития представляет собой перевод метафрастовской редакции (Великие Минеи Четьи).