После освобождения от болгарской оккупации (1941–1944 гг.) началось постепенное возрождение Икосифиниссы: в 1946 г. была возвращена чудотворная икона Божьей Матери и построена резиденция игумена; в 1957 г. на средства десяти окрестных деревень была сооружена гостиница для своих паломников. Основные восстановительные работы были осуществлены в 1965–1970 гг. при содействии Драмского митрополита Дионисия. В 1971 г. была построена новая гостиница. В 1972 г. Икосифинисса был преобразован в женский общежительный монастырь. Библиотека монастыря, позволяющая исследователям судить о расцвете Икосифиниссы в византийский период, насчитывала 1300 книг, в том числе 430 рукописей. В 1881 г. два пергаменных Евангелия IX в. были переданы в ватопедский скит апостола Андрея. Греческие рукописи Икосифиниссы происходили из разных регионов Византийской империи – Константинополя (монастыри Студийский и Одигон), Малой Азии, Южной Италии, Эпира. В 1886 г. А. Пападопуло-Керамевсом был опубликова перечень рукописей Икосифиниссы. В 1902 г. Филиппийский и Фасосский митрополит Хризостом (Хадзи-Ставру) составил полный каталог монастырской библиотеки. В числе наиболее примечательных рукописей Икосифиниссы, хранящихся в настоящее время в Центре славяно-византийских исследований имени И. Дуйчева, Евангелие-апракос (конец IX в.), Гомилия на псалом 114 и Шестоднев Василия Великого (930 гг. и начало XI в.), Евангелие-тетр (середина Х в.), отрывок «Ареопагитик» (конец X – начало XI вв.), Минологий на сентябрь (конец Х – начало XI вв. и XIII–XIV вв.), 16 Слов Григория Богослова (конец Х – начало XI вв.), Панегирик и «Повесть о Варлааме и Иоасафе» (первая половина XI в.), Евангелие-апракос из скриптория Студийского монастыря (вторая половина XI в.), Евангелие-апракос (XI в.), Евангелие-апракос (XI–XII вв.), Евангелие-тетр и Апостол (1125 г.), Минологий на вторую половину декабря (первая половина XII в.), Апостол-апракос (XII в.), вторая часть этого кодекса, содержащая Послание к Иудеям и Апокалипсис, хранится в библиотеке Пирпонта Моргана в Нью-Йорке, Евангелие-апракос (XII и XIV вв.), Минея служебная на декабрь (середина XIII в.), Евангелие-тетр (1285 г.), Толкования Иоанна Зонары на императорские, патриаршие и соборные решения (XIII в.), Евангелие-тетр (конец XIII – начало XIV вв.), Богословские сочинения Павла Евергетидского (начало XIV в.), Евангелие-тетр (1330–1340 гг.), Сборник церковно-юридический («Синопсис малый»), около 1340 г., отрывок в Российской национальной библиотеке, Евангелие с толкованиями Феофилакта Охридского (1371 г.), Евангелие-апракос (1378 г.), сборник богословских и агиографических сочинений с лицевым «Физиологом» конволют (XIV и XVI вв.), «Математарион» (певческий сборник с невмами), 1438 г., «Шестокнижие» Константина Арменопула (вторая четверть XV в.), Синтагма Матфея Властаря и Новеллы императора Юстиниана I (1686 г.) и др. «Лествица» 1366 г., переписанная иеродидаскалом Иоасафом, фигурирует без указания шифра в каталоге. В настоящее время в монастыре проживает 23 монахини; игуменья – Алексия. Сёстры занимаются золотым шитьём и иконописанием.