Сигиллий 1488 г. подтверждал права монастыря на владение обителями великомученика Георгия близ Вранокастрона и Пресвятой Богородицы в Илиукалисе близ Серр, подворьями в Кормисте, Никисиани и др. Подворья Икосифиниссы были разбросаны в Северной Греции – от Суфлиона во Фракии до полуострова Халкидики (в том числе на острове Тасос). В 1507 г. деятельность насельников Икосифиниссы, препятствовавших исламизации местного населения, вызвала гнев местного турецкого правителя, и он разорил монастырь великомученика Георгия близ Вранокастрона, а затем и Икосифиниссу. Монахи, узнав о приближении турок, успели спрятать чудотворную икону Божьей Матери и богослужебные книги. Несмотря на то что они вышли навстречу войску с дарами, турки вырезали всех насельников монастыря – 172 человека (145 монахов, 24 иеромонаха и три иеродиакона). Монастырь пребывал в запустении три года (по другим источникам – 13 лет). Затем Константинопольская патриархия добилась разрешения начать восстановление монастыря и направила в Икосифиниссу десять иноков из монастыря Ватопед; через десять лет, когда число насельников Икосифиниссы достигло 50 человек, они вернулись на Афон. Для сохранности они увезли с собой архив Икосифиниссы (в том числе императорские хрисовулы). В 1573 г. Икосифиниссу посетил Константинопольский патриарх Митрофан III и отметил общежительный устав обители. 4 февраля 1630 г. в Москву прибыло за милостыней «Македонские земли города Драма Введенского Кусинского (!) монастыря» посольство во главе с архимандритом Симеоном. Оно привезло грамоту дикея иеромонаха Вениамина и монастырской братии с описанием реликвий обители (Российский государственный архив древних актов). В 1632 г. Феоклит, проигумен Икосифиниссы, находившийся по делам монастыря в Париже, направил письмо герцогу Савойскому с просьбой освободить от турок его родину – Кипр. Исследователям известно, что в том году в Икосифиниссе было 150 насельников. В 1655 г. во время эпидемии чумы в Икосифиниссе за неделю умерли 20 иноков. Игумен Софроний (1770–1803 гг.) заново отстроил северную часть монастыря, украсил монастырский двор фонтаном, заказал иконостас, купил церковную утварь и оковал серебром честную главу Дионисия. Константинопольский патриарх Григорий V, оставив престол после своего первого патриаршества, девять месяцев провёл в Икосифиниссе; он подарил монастырю свои дикирий и трикирий. Игумен Константий (1806–1821 гг.), искусный врач, снискал расположение Фета-бея, а затем правителя Египта Мехмеда Али. Благодаря заступничеству Фета-бея в годы национально-освободительной революции (1821–1829 гг.) Икосифинисса избежала разгрома. Игумен Константий построил просторную внешнюю часть монастыря с сорока большими комнатами, церковь Живоносного Источника, со складами и с другими хозяйственными помещениями, отремонтировал резиденцию игумена, расширил внутреннюю северную часть монастыря, благоустроил монастырский двор.