Обитель играла значительную роль в национально-освободительной борьбе. Когда в 1821 г. было провозглашено восстание, здесь находился штаб арматола Н. Циараса (Цараса). В Икосифиниссе принесли присягу воины Э. Папаса (1821 г.). В Икосифиниссе действовала «Тайная школа», а затем «Греческая школа общественного просвещения», перенесённая в 1843 г. в Алистрати и названная Центральной школой, вместо которой в монастыре в 1844 г. было открыто училище для послушников. В 1854 г. пожар уничтожил западное и частично северное крыло монастырского комплекса, где находились лучшие постройки. В 1865 г. патриарший сигиллий отменил ставропигиальный статус монастыря, подчинив его митрополиту Драмы. Во время Русско-турецкой (1877–1878 гг.) и Греко-турецкой войн (1897 г.), событий «борьбы за Македонию» (1904–1908 гг.) и балканских войн монастырь Икосифинисса служил убежищем для мирного населения. К началу ХХ в. монастырь пришёл в упадок. Улучшить экономическое состояние Икосифиниссы позволила энергичная деятельность Хризостома (Калафатиса), митрополита Драмского и впоследствии Смирнского, и Хризостома, митрополита Филиппийского и Фасосского. Число монашествующих увеличилось до 70 человек. Сохранилось предание, что, когда в 1908 г. разбойники собирались напасть на монастырь, одного из них схватила за волосы внезапно появившаяся могущественная женщина в чёрном, и они в страхе отступили от обители. В 1912–1913 гг. была перестроена северо-восточная часть монастыря, в которой было оборудовано помещение для библиотеки. В 1917 г. Икосифинисса была разграблена болгарской армией, которая увезла в Софию на 18 мулах иконы, рукописи, церковную утварь, мощи (главу Константинопольского патриарха Дионисия, десницу равноапостольной Марии Магдалины, частицы мощей апостола Андрея Первозванного, священномученика Харалампия, великомучеников Феодора Стратилата и Пантелеимона, святителя Модеста и др.), подвесную пелену с образом Пресвятой Богородицы и другие реликвии. В монастыре осталась только икона Божьей Матери Икосифиниссы. Сняв золотой оклад, болгары хотели увезти и икону, но она внезапно стала настолько тяжёлой, что они были вынуждены её оставить. В другой раз возглавлявший болгарский отряд офицер попытался вынуть чудотворную икону из иконостаса, но был отброшен божественной силой и, ударившись о колонну, тут же скончался. На полу остался отпечаток его сапога и пистолета. 23 июня 1917 г. болгары велели монахам оставить Икосифиниссу и переселиться в Драму. До октября 1918 г. монастырь пребывал в запустении. В 1941 г. игумен Икосифиниссы Григорий (Кацивакис) был отправлен болгарами в ссылку, где пребывал шесть месяцев. Некоторые монахи были убиты. 12 июля 1943 г. монастырь был сожжён. Чудотворная икона Божьей Матери была спрятана жителями Никисиани, где также поселились игумен Григорий с 12 монахами.