Вместе с тем Иоанн Скифопольский говорит, что всё имеющее быть сотворённым предсуществует в Боге, Который знает, что и когда Он сотворит. Подобного рода подход к учению «Ареопагитик» о «парадигмах» встречается и детально разрабатывается позднее Максимом Исповедником в «Ambigua». Замыслы-воления Бога о творении могут называться Иоанном Скифопольским в равной степени парадигмами, идеями и логосами (принципами), в чём он следует «Ареопагитикам». При этом он отвергает самостоятельное существование парадигм, считая это учение эллинским; они представляют собой идеи в Божием уме; отдельно существующих идей нет. Особое место в схолиях Иоанна Скифопольского занимает полемика с оригенизмом. Она касалась не только воскресения мёртвых и Суда, но и таких вопросов, как, например, бестелесность ангелов и их чистота, которые отстаивал против Оригена и оригенистов Иоанн Скифопольский, отвергавший учение о том, что ангелы получили тела в результате падения умов (здесь же он полемизирует с Оригеном и Евагрием относительно повторных падений и восстановлений). Помимо Оригена и оригенизма в схолиях Иоанн Скифопольский полемизирует с ошибочными эсхатологическими учениями, в частности, с хилиазмом (отцом которого он называет Папия Иерапольского, а одним из приверженцев – Аполлинария) и с верой в разрушение не только тел, но и душ. В целом отношение Иоанна Скифопольского к наследию Оригена и Евагрия таково, что, отвергая их заблуждения, он берёт у них ряд существенных достижений (это касается и отдельных сведений, и экзегетических методов); при этом Иоанн Скифопольский иногда упоминает эти имена без негативных эпитетов, ссылаясь на них как на источники тех или иных сведений и мнений. Представляющее большой интерес для исследователей отношение Иоанна Скифопольского к неоплатонической философии исследовано в ряде работ, однако этот вопрос далеко не исчерпан. Иоанн Скифопольский признавал, что автор «Ареопагитик» прибегает к философскому языку, хотя нигде не атрибутировал его выражения или мысли тому или иному неоплатоническому философу; он лишь констатировал, что Дионисий использовал выражения философов.