В 1685 г. вместе с иеродиаконом Карионом (Истоминым) Игнатий был назначен к следствию по делу Смоленского митрополита Симеона, в 1689 г. участвовал в допросе диакона Иакова и в «увещании» Сильвестра (Медведева), в 1690 г. вёл расследование «ереси» Псковского митрополита Маркелла. В 1687 г. Игнатий и протопоп московского собора во имя Черниговских чудотворцев Иоанн Иоаннов ездили в Костромской и Кинешемский уезды для «обличения» старообрядцев, после чего Игнатий написал «Известие о увещевании раскольников в уездах Костромском и Кинешемском». Он был сторонником политики расширения южных границ России и выхода к Средиземному морю. Накануне первого Крымского похода (1687 г.) выступил перед войсками со «Словом благочестивому и христолюбивому воинству» и «Словом православному воинству о помощи Пресвятой Богородицы» (автограф – Владимиро-Суздальский музей-заповедник), где неизбежность победы обосновывал не только заступничеством святых, но и свидетельствами летописей о борьбе русских с татарами и турками. Игнатий составил «Свидетельство ко образу святыя неизреченныя Софии, Премудрости Слова Божия, о Российском благословенном царствии» – толкование новгородского извода иконы Святой Софии как политической аллегории процветания Российского государства под управлением царевны Софьи Алексеевны; в сочинении цари Иван V и Пётр I Алексеевичи представлены как «предстоящие» царевне. После свержения Софьи Алексеевны Игнатий в 1690 г. преподнёс царям Ивану и Петру «Слово избранно от Божественных писаний и от повестей отеческих о Российском царствии». После смерти патриарха Иоакима (1690 г.) написал «Житие и завещание патриарха Иоакима». С усилением в Москве Нарышкиных положение Игнатия осложнилось. 3 апреля 1692 г. патриарх Адриан возглавил хиротонию Игнатия во митрополита Сибирского и Тобольского, что можно считать его почётной ссылкой. Прибыв в Тобольск 12 февраля 1693 г., Игнатий активно включился в борьбу со старообрядчеством. Живший в Тобольске учитель «старой веры» Иосиф Истомин (Астомен) после нескольких публичных диспутов с Игнатием в 1693 г. принёс покаяние и под диктовку Тобольского архиерея написал «исповедание». Зимой 1694/1695 гг. митрополит совершил поездку по епархии, посетив Тюмень, Туринск, Пелым, Верхотурье, Ирбит. Сибирский архипастырь проповедовал, обличал последователей «старой веры», принимал жалобы населения, освящал новопостроенные храмы, решал другие вопросы епархиальной жизни. Самым известным его деянием во время поездки стало освидетельствование мощей и прославление праведного Симеона Верхотурского.