В 1695 г. Игнатий составил Житие святого с тропарём на обретение мощей и описанием чудес от них («Повесть известная и свидетельствованная о появлении честных мощей и отчасти сказание о чудесах… праведного Симеона»). В 1696 г. Игнатий написал книгу, состоящую из трёх «Посланий на арменов и полуарменов» (Российская национальная библиотека), в которой он наряду с обличением старообрядчества кратко изложил его историю. Название труда объясняется тем, что происхождение некоторых старых обрядов, в частности двоеперстия, автор объяснял влиянием армян, якобы появившихся в России при Иване IV Васильевиче, в эпоху Стоглавого Собора. В самый разгар красноярского восстания в 1697 г. митрополит написал послание, в котором обличал руководителей мятежа, а жителей города призывал подчиниться властям. Попытка Игнатия совершить поездку по низовым городам епархии встретила сопротивление местных властей, что привело к резкому обострению отношений митрополита с тобольскими воеводами Андреем Фёдоровичем и А.А. Нарышкиными. Конфликт усугубился другими обстоятельствами, а именно: бесконтрольностью десятильников (светских архиерейских чиновников), неясностью вопроса о сферах церковного и светского судов и, наконец, решением, принятым воеводским дьяком в поземельном споре Тобольского архиерейского дома с татарами Тарханского острога в пользу последних. Вершиной конфликта стало отлучение митрополитом воевод и дьяка от церкви (1697 г.). Ситуация была разрешена вмешательством царя и патриарха, должность десятильников в епархии была упразднена, их обязанности переданы поповским старостам и заказчикам (в Центральной России институт десятильников был ликвидирован в 1675 г.). В 1695 г. Игнатий, узнав от возвращавшихся из Китая купцов о существовании в Пекине часовни при русской сотне (см. Албазинцы), дал священнику Максиму Леонтиеву благословенную грамоту на освящение храма и послал всё необходимое для освящения и богослужения, таким образом, положив основание русской православной миссии в Китае. В годы архипастырства Игнатия был восстановлен Воскресенский монастырь в Берёзове, основан иркутский в честь иконы Божьей Матери «Знамение» женский монастырь (1693 г.). Митрополит предоставил значительные льготы Усть-Киренскому во имя Святой Троицы мужскому монастырю, о чём свидетельствуют грамота илимскому воеводе Богдану Анфиногеновичу Челищеву и строителю Усть-Киренского монастыря Иосифу о непризыве к гражданскому суду и неверстании в тягло и оброки монастырских людей и вкладчиков, грамота десятиннику Василию Саминскому об освобождении Усть-Киренского монастыря от платежа данных, праздничных и других указных денег.