Архиерей благословил строительство в обители привратной церкви во имя Иоанна Крестителя. По мнению А.П. Богданова, до последних лет жизни Игнатий руководил написанием и редактированием обширного летописного свода (Исторический музей). Как полагают исследователи, работа над ним, скорее всего, была начата в ярославском Спасском монастыре, продолжена в Москве, затем в Тобольске, где статьи с 1683 по 1698 гг. пополнялись погодно. В декабре 1699 г. Игнатий выехал в Москву. В столице 16 марта 1700 г. вступил в резкий конфликт с патриархом Адрианом и другими архиереями, которые собрались для поставления Стефана (Яворского) на Рязанскую кафедру (возможно, Игнатий возражал против хиротонии, опасаясь усиления пролатинской партии, или выступал против изменений, которые произошли в его отсутствие в Москве). Патриарх велел заточить Игнатия в кремлёвском в честь Чуда архангела Михаила в Хонех Чудовом монастыре. 3 апреля Игнатий был переведён в Симонов Новый московский в честь Успения Пресвятой Богородицы мужской монастырь, где пользовался большей свободой. Патриарх в письмах царю называл причиной удаления Игнатия на покой с запрещением в священнослужении душевную болезнь митрополита. Игнатий был погребён «в паперти» Симонова монастыря. Он неплохо владел греческим и латинским языками, прекрасно знал Священное Писание; собрал довольно большую келейную библиотеку (75 печатных и рукописных книг). В основном, это были богослужебные книги, в том числе певческие. Из светской литературы в описи его библиотеки значатся два лечебника, «Хрисмологион» и «История сирская». Помимо книг архиерей имел три карты: Соловецкого монастыря, части Московского царства и части Европы. Библиотка Игнатия, в основном (кроме певческих книг), перешла Димитрию Савичу (Туптало) как к преемнику Игнатия на Тобольской кафедре и сохранилась в составе его книжного собрания. Сочинения Игнатия следуют традиционным жанровым нормам прения, проповеди, панегирика, летописи, жития. По мнению исследователей, их особенностями являются эмоциональность, яркая образность, публицистичность. Труды Игнатия (частично сохранившиеся в автографах) переписывались и распространялись при его жизни (в том числе им самим): в частности, списки были посланы Холмогорскому архиепископу Афанасию (Любимову), во Флорищеву в честь Успения Пресвятой Богородицы мужскую пустынь.