28 января 1925 г. Иннокентий направил первоиерарху РПЦЗ митрополиту Антонию (Храповицкому) послание, в котором предлагал ему возглавить Русскую церковь в качестве патриаршего заместителя, т.к. патриарх Тихон «совершенно лишён всякой свободы действий и распоряжений, и его именем всякий может злоупотреблять». Иннокентий утверждал, что «если мы – христиане, то в ответ на насилие большевиков над Церковью мы должны прервать с ними всякое общение». После того как стало известно, что пребывавший в Харбине Камчатский епископ Нестор (Анисимов; впоследствии митрополит) признал каноническую власть Заместителя Патриаршего Местоблюстителя митрополита Сергия (Страгородского; впоследствии Патриарх Московский и всея Руси) и принял условия лояльности советской власти, Иннокентий обратился с открытым письмом к епископу Нестору. Он писал: «Быть лояльным к большевикам, отказаться от всякой активной с ними борьбы, чего требует митрополит Сергий от всех признающих его, – не есть ли это отречение от Христа?». Иннокентий примирился с епископом Нестором только перед смертью, когда тот посетил Пекин. По словам епископа Нестора, высоко оценившего душевные качества, «адамантовую твёрдость канонических устоев» Иннокентия, на вопрос как можно не молиться за пребывающих в СССР «гонимых и несвободных в своей совести иерархов, полонённых безбожниками», он ответил: «Я всегда молюсь за них; за них должно сугубо молиться, но общение с ними сейчас совершенно немыслимо». Поддерживая политическую линию Архиерейского Синода РПЦЗ в противостоянии большевизму, Иннокентий не был согласен с Синодом по некоторым существенным вопросам, опираясь на нормы канонического права. Так, он занимал твёрдую позицию по недопустимости расторжения церковных браков. В 1927 г. писал: «В переживаемое нами время распущенности нравов и упадка нравственной дисциплины, для улучшения и укрепления основ семейной жизни Христова Церковь должна с особым старанием проводить в жизнь во всей чистоте свои идеалы. Уступки времени и греховным наклонностям человека не согласны с духом Христова учения». Иннокентий не принял решения Архиерейского Собора РПЦЗ о допустимости развода, заявив, что «архиерейская совесть не позволяет мне согласиться на доступность разводов, и я дерзаю встать на защиту святости и нерасторжимости таинства брака». Получая приглашения на архиерейские Соборы РПЦЗ в Сремски-Карловици, Иннокентий не смог присутствовать ни на одном и посылал представителей, если позволяли обстоятельства и средства. Они делали доклады от лица начальника миссии о положении и деятельности Пекинской миссии в Китае. Иннокентий просил быть его представителями в Сремски-Карловци архиереев или духовных лиц из другой епархии. В 1928 г. Иннокентий был возведён в сан митрополита. Предугадал день своей смерти. После кончины был погребён на территории Пекинской духовной миссии в склепе церкви Всех св. мучеников Китайских с правой стороны от иконостаса. Ныне могила Иннокентия находится на территории посольства РФ в Пекине.