Миссия занималась переводческой и издательской деятельностью. Получив признание как один из крупнейших синологов своего времени, Иннокентий занимался составлением словарей (в том числе ставшего широко известным двухтомного Китайско-русского словаря) и переводами богослужебной литературы (большая часть переводов не была издана, хранилась в архивах миссии и пропала после её закрытия в 1956 г.). Иннокентий переводил богослужебные книги на китайский язык как с церковнославянского, так и с греческого языка, написал на китайском языке ряд брошюр для распространения среди населения («В защиту старого календарного стиля», «О православной пасхалии», «Догмат о Церкви», «О разводе» и др.). Он считал такие брошюры необходимыми для китайской паствы, ставил вопрос об их широком распространении. Открывались новые миссионерские станы, при них организовывались школы и молитвенные дома. Паству в этих станах окормляли выпускники семинарии Пекинской миссии из китайцев, которым было легче проповедовать среди соотечественников. В 1913 г. для подготовки китайских миссионеров и духовенства было основано подворье в Москве. Подворье миссии было и в Санкт-Петербурге. Особое внимание Иннокентий уделял организации в Китае монашеской жизни, не всегда встречая понимание со стороны духовных властей. Так, на ходатайство о преобразовании женской православной обители, находящейся при Пекинской духовной миссии, в женский общежительный монастырь согласие Синода было получено только спустя пять лет после повторного прошения. К 1914 г. миссии принадлежали два монастыря (первоклассный мужской и женский в Пекине), Крестовоздвиженский скит в горах Сишань, 19 церквей и три часовни, пять кладбищ, 32 миссионерских стана, семинария в Пекине, 17 мужских и три женских школы, богадельня на 16 человек, женская община. Практически везде богослужение велось на китайском языке. В 1915 г. было построено новое здание библиотеки миссии взамен уничтоженной ихэтуанями. Через некоторое время в библиотеке было уже около 4 тыс. богослужебных, научных и других книг на разных языках, в том числе и уникальные экземпляры. К концу 1915 г. в Китае насчитывалось более 5,5 тыс. православных христиан из китайцев. В 1916 г. в провинциях Хубэй, Чжэцзян и Цзянси приняли православное крещение более 570 человек. К 1917 г. миссия владела землями в Пекине и в других провинциях Китая. Капитал миссии приближался к 1 млн. руб. После революции 1917 г. положение русской духовной миссии в Китае кардинальным образом изменилось. Прекратилось поступление денежных средств от Синода и подворий в России. Миссия оказалась обременена огромными долгами, для погашения которых пришлось продать имущество в городе Дальнем. Ценой огромных усилий Иннокентию удалось избежать банкротства миссии. При этом пришлось значительно сократить деятельность миссии и перейти на самоокупаемость.