Уже в 1919 г. на территории Китая были закрыты все православные миссионерские станы. Не было связи с Россией, где разгорелась гражданская война. Задачей миссии стала помощь многочисленным русским беженцам в Китае, их численность по разным данным колебалась от 300 до 500 тыс. человек. Для помощи беженцам организовывались приюты, больницы, бесплатные столовые, низшие и высшие начальные училища с бесплатным обучением, бесплатная столовая и библиотека для духовного просвещения. При каждом храме образовались церковно-благотворительные братства и кружки, помогавшие неимущим, престарелым, страждущим и т.п. 16 апреля 1920 г. в Пекин были доставлены останки претерпевших мученическую кончину великой княгини Елизаветы Фёдоровны, инокини Марфо-Мариинской обители в Москве Варвары (Яковлевой), великого князя Сергея Михайловича, князей Ивана, Константина и Игоря Константиновичей, князя Владимира Павловича Палея и барона Фёдора Михайловича Ремеза. Благодаря старанию Иннокентия, они были захоронены с подобающими почестями в Пекине в церкви Серафима Саровского на кладбище миссии. Ежегодно в дни их памяти миссия устраивала крестный ход и молебен. Мощи преподобномучениц Елизаветы и Варвары в скором времени были перевезены в Иерусалим. С апреля 1918 г. определением патриарха Тихона и постановлением Священного Синода РПЦ титул Иннокентия был изменён на епископа Пекинского. 13 мая 1921 г. Иннокентий был возведён в архиепископа. Из-за невозможности сообщения с Московской патриархией перешёл в подчинение Архиерейскому Синоду Русской православной церкви за границей (РПЦЗ), по решению которого в 1922 г. была образована Пекинская и Китайская епархия. В Пекинской епархии РПЦЗ образовались викарные кафедры: в Шанхае под руководством епископа Симона (Виноградова) и в Тяньцзине (позднее перенесено в Ханькоу) под руководством епископа Ионы (Покровского). На территории Маньчжурии в мае 1922 г. возникла самостоятельная епархия, главой которой стал архиепископ Мефодий (Герасимов) с титулом Харбинский и Маньчжурский. В 1924 г. духовная миссия едва не лишилась всего имущества, на которое претендовало признанное китайскими властями Советское государство. Предвидя попытки захвата имущества миссии, Иннокентий успел перерегистрировать большую его часть на своё имя. Он сумел доказать китайским властям, что законным владельцем русского церковного имущества в Китае является духовная миссия, которая, по официальному заявлению Иннокентия, должна теперь именоваться Китайской православной церковью. Занимая активную позицию в противостоянии большевизму, Иннокентий не принимал увещевания патриарха Тихона в адрес оказавшихся за рубежом архиереев за их политические выступления от имени церкви.