Однако Иннокентий, напротив, принял меры к её расширению: купил участок земли в Шанхае, на котором впоследствии были построены храм и школа, попечением Иннокентия начались работы по восстановлению миссионерского стана в Бэйдайхэ. Когда в июле 1901 г. Иннокентий был вызван в Санкт-Петербург, он привёл веские доводы в пользу сохранения миссии в Китае. Вместо намеченного закрытия китайской миссии и назначения Иннокентия начальником Урмийской миссии было принято решение об учреждении в Китае самостоятельной епископской кафедры. Кроме того, были выделены дополнительные средства на содержание Пекинской миссии. Согласно Высочайшему указу от 6 апреля 1902 г., Иннокентий был назначен епископом Переславльским, викарием Владимирской епархии. В обязанности нового архиерея входило окормление православных Китая, Монголии и Тибета. 3 июня того же года в Свято-Духовом соборе Александро-Невской лавры Санкт-Петербурга состоялась епископская хиротония Иннокентия. Через месяц после хиротонии Иннокентий с новым штатом (34 члена миссии и 40 сотрудников обслуживающего персонала) отправился в Китай. За счёт собранных в России пожертвований и части контрибуции, выплачиваемой китайским правительством за ущерб во время восстания, удалось за короткий срок не только восстановить Пекинскую миссию, но и значительно её расширить. Территория миссии была обнесена каменной стеной, в отремонтированном дворце, где работали сотрудники, была устроена домовая церковь во имя Иннокентия Иркутского. На месте разрушенного ихэтуанями Успенского собора был построен храм Всех св. мучеников Китайских, где были погребёнными останки 222 православных китайцев, погибших в Пекине. На верхнем этаже храма была устроена церковь во имя Николая Чудотворца. Русское кладбище было восстановлено и обнесено оградой, там же выстроен храм во имя Серафима Саровского. Территория, принадлежавшая миссии, занимала около 20 га. Были построены ремесленное и художественное училища, иконописная мастерская, бблиотека, типография, школа и многое др. По решению Синода Иннокентий управлял также духовенством и православными приходами Северной Маньчжурии. Осенью 1903 г. Иннокентий проехал вдоль линии КВЖД, совершая богослужения и освящая построенные храмы. В 1904 г., во время Русско-японской войны, организовал и возглавил братство православной церкви в Китае. В госпитале при братстве оказывалась помощь не только раненым русским, но и китайцам. Братство выпускало журнал «Известия Братства Православной Церкви в Китае» (позднее журнал переименовали в «Китайский Благовестник»). В связи с оккупацией японцами Южной Маньчжурии прервалась связь между Пекином и Северной Маньчжурией, находившиеся там приходы были переданы в подчинение правящего архиерея Владивостокской епархии. Под управлением Пекинской миссии остались лишь подворья в Харбине, Дальнем (ныне Далянь) и на станции Маньчжурия.