Так, 1 сентября 1849 г. начались занятия в духовно-приходском училище села Лыскова, в 1850 г. такое же училище открылось в городе Починки. В Нижнем Новгороде учредил особую противораскольническую комиссию, в которой сам вёл собеседования с ревнителями старой веры. Митрополит Филарет (Дроздов) свидетельствовал: «...Добрые раскольники Саратовской и Нижегородской епархий все были бы в пастве преосвященного Иакова, если бы он долее пожил». 3 апреля 1849 г. Иаков был возведён в сан архиепископа Нижегородского и Арзамасского, 25 ноября вызван в столицу для присутствия в Святейшем Синоде. В Санкт-Петербурге во время Великого поста Иаков тяжело заболел «горловой чахоткой» (врачи безуспешно убеждали архиерея оставить суровый пост). Архиепископ Никанор (Бровкович), встретивший его в столице, писал: «Это был самый благолепный лик подвижника-иерарха, какой я видел на своём веку: рост более среднего, корпус отощалый, рука из одних костей, белая до прозрачности, одеяние всё чёрное, борода полубелая, большая – клином, глаза не потухшие, щёки впалые колера бледноистощенного, голос немощный, хорошего трогающего звука. Одним словом, облик иконный». Незадолго до смерти Иаков успел принять участие в хиротонии архимандрита Антония (Шокотова) на учреждённое в целях борьбы с расколом Вольское викариатство Саратовской епархии. Похоронен в Александро-Невской лавре, под солеёй Феодоровской церкви. Отпевание совершил Санкт-Петербургский и Новгородский митрополит Никанор (Клементьевский) в сослужении четырёх архиереев и шести архимандритов. Надгробные слова произнесли архимандрит Макарий (Невский; впоследствии митрополит Московский) и епископ Могилёвский и Мстиславский Анатолий (Мартыновский). В советское время Феодоровская церковь была занята ЦНИИ «Прометей», мастерскими, к 2009 г. в храме на солее (по левую сторону) найдено место захоронения Иакова, отмеченное каменной плитой. «Истинно монашеской» называли современники жизнь «святителя-подвижника». Воспитанник Саратовской духовной семинарии, студент Санкт-Петербургской духовной семинарии, живописец Лев Степанович Игорев выполнил портрет архиепископа. Оригинал (или копия) портрета хранился в Саратовском архиерейском доме, с него делалось множество литографий. К 2009 г. в Саратовском государственном художественном музее имени Александра Николаевича Радищева находился портрет Иакова (первая пол. XIX в.; неизвестный художник). Имя Иакова носит Церковно-историческое общество Саратовской епархии. На литографии середины – третьей четверти XIX в. (Каспар Эргот, Церковно-археологический кабинет Московской духовной академии) Иаков представлен по пояс, вполоборота вправо, в рясе и клобуке, с панагией и орденской звездой, руки лежат на посохе (на правой – чётки).