Приняв во внимание позицию духовенства и местной администрации, Синод решил учредить миссию только в Саратовской епархии с центром в Царицыне (ныне Волгоград). Крещение калмыков на территории Астраханской епархии Синод отложил «до более благоприятных обстоятельств» и предписал ограничиться частными случаями крещения. Всего за годы управления Иаковом Саратовской епархией к православию присоединились около 20 тыс. старообрядцев, крестились до 2 тыс. калмыков и евреев. Так, например, в 1832–1845 гг. крестились 1114 калмыков; в 1845 г. в Вольске – 915 евреев. В случае необходимости Иаков помогал новообращёным деньгами, лично посещал иpгизские стаpообpядческие монастыpи, встpечался с начётчиками, влиятельными купцами-стаpообpядцами. Деятельность Иакова ускорила многолетний процесс обращения в единоверие насельников иргизских старообрядческих монастырей. В 1837 г. к единоверию были приведены насельники Средне-Никольского, в 1841 г. – Верхне-Спасо-Преображенского монастырей. Женские Покровский и Успенский монастыри были упразднены. Иаков заботился о духовном просвещении. По воспоминаниям современников, к воспитанникам Саpатовской духовной семинарии относился «по-отечески». Зная, что Иаков особо ценит познания в области классических языков, семинаристы свои прошения епископу писали на латыни. Почти все приобретаемые книги пеpедавал в семинаpскую библиотеку, а пеpед переводом в другую епархию подарил Саратовской духовной семинарии своё книжное собpание. Открыл несколько учебных заведений: училище для обучения калмыцких детей русской грамоте, Закону Божию и родному языку (1838 г.), духовные училища в Николаеве (1845 г.), Вольске и Балашове (1847 г.). По инициативе Иакова в Саратове при Крестовоздвиженском монастыре была открыта первая в городе школа для девочек всех сословий. Попечение о школе епископ возложил на настоятельницу игуменью Еванфию и послушницу Анну Рылееву. В 1836 г., при обозрении епархии, обнаружил, что во многих селениях Вольского уезда дети не знают «самонужнейших молитв», и побудил «сельских священников... предпринять меры к наученью детей молитве “Отче наш”». При деятельном участии Иакова возведено около сотни храмов.