Той же темой занимался преподаватель Саратовской духовной семинарии Гордий Семёнович Саблуков. В 1842 г. в «Учёных записках Казанского университета», сославшись на «сообщение» Иакова, он напечатал (без указания авторства) статьи «Исследование о месте Сарая, столицы Кипчакской Орды» и «Состояние Православной Российской Церкви в царстве Кипчакской или Золотой Орды». По благословению Иакова приходские клирики передавали в Саратовскую духовную семинарию обнаруженные ими древние монеты, окаменелости, обломки древних идолов и др. Однажды уездный благочинный прислал Иакову идола, изготовленного из окаменевшего коровьего навоза. В итоге при семинарии сложился небольшой музей древностей. В декабре 1847 г. Иаков прислал митрополиту Филарету (Дроздову) для Гефсиманского в честь Черниговской иконы Божьей Матери скита вклад – как полагают исследователи, крест из «жемчужной раковины». 13 января 1847 г. Иаков был перемещён на Нижегородскую кафедру с управлением (с 24 мая 1847 г.) нижегородским Печерским монастырём. Отремонтировал храмы и другие постройки обители, восстановил корпус с домовой церковью в честь Покрова Пресвятой Богородицы; заботился о сохранении церковных древностей. В Печерском монастыре обнаружил около 1 тыс. рукописных свитков с грамотами царей и патриархов и передал в Санкт-Петербург в Археографическую комиссию. По поручению Иакова профессор семинарии иеромонах Макарий (Миролюбов) составил подробное описание Нижегородской епархии. 30 октября 1847 г. Русское Географическое общество избрало Иакова членом-сотрудником, 12 апреля 1850 г. удостоило звания почётного члена. В память событий 1612 г. по инициативе Иакова в усыпальнице Преображенского собора, при гробнице почитаемых архипастырей и Кузьмы Минина, был открыт особый, нижний храм. Здесь в 1849 г. было устроено три придела: в честь Казанской иконы Божьей Матери, во имя Димитрия Солунского (небесного покровителя князя Дмитрия Михайловича Пожарского) и во имя бессребреников Космы и Дамиана (первый из них – покровитель Кузьмы Минина). Освятить приделы довелось преемнику Иакова епископу Иеремии (Соловьёву). Как и в Саратове, особое внимание уделялось духовному образованию. При Иакове библиотека Нижегородской духовной семинарии обогатилась сотнями книг из личного собрания архиерея. Открывал духовные училища в уездных городах и сёлах, где было особенно много раскольников.