Официальный биограф Конрада II Випон сообщает о значительной денежной сумме, уплаченной Ульрихом Базельским (1025–1040 гг.) императору за епископство. Декларируемая Конрадом II на Трибурском соборе 1036 г. борьба с симонией означала запрет на взимание платы за елей, совершение таинства крещения или погребение, однако об инвеституре в обмен на территориальные или финансовые уступки речь не шла. C распространением идей клюнийской реформы подобные злоупотребления, имевшие место как в отношениях императора и епископов, так и на более низких уровнях церковной организации, стали главным объектом критики. Осенью 1046 г. на Соборе в Павии Генрих III запретил рукополагать священников за плату. Король провёл монастырскую реформу с целью внедрить практику свободных выборов в аббатствах и ограничить права монастырей на землю: все монастыри, кроме Фульды и Сен-Гилена, были лишены графских полномочий, управление землями перешло в руки императорских должностных лиц. К середине XI в. определяющая роль императора в церковной политике, практика назначения правителями епископов, критиковавшаяся как симония, злоупотребления католического духовенства, общее обмирщение церкви, столкнувшись с идеями клюнийской реформы, привели к конфликтам между императорами и папами, в том числе в форме борьбы за инвеституру. В результате устройство и принципы функционирования германской имперской церкви существенно изменились. По мнению Й. Флеккенштайна, тесная связь между двором и епископами и между императором и имперской церковью начала разрушаться при Генрихе IV. С окончанием борьбы за инвеституру произошли изменения в порядке избрания и инвеституры епископов и аббатов. Согласно Вормсскому конкордату 1122 г., император гарантировал свободные канонические выборы без денежных выплат и любого внешнего вмешательства, а также отказывался от права инвеституры символами духовной власти – посохом и кольцом. Светские владения епископа (так называемые regalia – земельные владения и привилегии) должны были передаваться в качестве лена через вручение скипетра перед епископским рукоположением. Императорам оставлялась возможность присутствовать на выборах и отказывать в инвеституре неугодным кандидатам, избранным капитулом, что активно использовалось Лотарем III, Конрадом III (1138–1152 гг.) и Фридрихом I Барбароссой. Однако постепенно императоры теряли влияние в имперской церкви.