Упразднённые церкви и монастыри разрушались, в тяжёлом положении оказались также действующие храмы и обители, поддерживаемые лишь иждивением местного духовенства, поскольку у властей не было средств, необходимых для обновления разрушавшихся древних строений. За казённый счёт в середине XIX в. был отреставрирован только монастырский комплекс Гелати. Территория Имеретинской епархии была разделена на три уездных благочиния (Кутаисское, Шорапанское и Рачинское), которые, в свою очередь, подразделялись на благочиния волостные. В конце XIX в. в состав Кутаисского церковного благочиния входили Кутаисское, Ванское, Кулашское, Свирское, Окробское и Симонетское благочиния; Шорапанского – Шорапанское, Сачхерское, Харагаульское, Сверское и Чхарское; Рачинского – Онское, Барское, Садмельское и Никорцминдское. В 1826 г. была утверждена должность благочинных в гелатском Успенском и Челиши монастырях. Часть духовенства состояла в штате и получала жалованье из казны, другая находилась за штатом и существовала за счёт церковных доходов и пожертвований. Материальное обеспечение духовных лиц, освобождённых от должности в результате реформы, должно было взять на себя государство, однако из-за отсутствия средств это сделано не было. Церковная реформа подразумевала также улучшение социального положения церковнослужителей: при непосредственном вмешательстве митрополита Ионы и на основе представленных им документов в 1829 г. по распоряжению наместника Кавказа графа Ивана Фёдоровича Паскевича (1827–1830 гг.) лица из низшего духовенства и их дети, родившиеся после 1810 г., были освобождены от крепостной зависимости. По данным на 1823 г., годовой доход Имеретинской епархии составил 9650 руб. серебром без учёта натурального налога церковных крестьян. С целью коммутации церковных налогов государство в 1820 гг. обязало правящего архиепископа Софрония проследить за осуществлением замены натурального налога денежной выплатой; если же крестьянин не имел такой возможности, замену должна была произвести епархия. Благодаря этим мерам в 1840 гг. доходы епархии ощутимо возросли. В 1871 г. была завершена секуляризация церковных земель в Имерети и Гурии: церковная собственность и доходы Имеретинской епархии были переданы в государственную казну и распределены на содержание администрации Имеретинской епархии и духовных школ, на жалованье штатному духовенству; часть отчислялась в фонд Тифлисской духовной семинарии.