В разных редакциях богослужебных книг количество «Господи, помилуй» на сугубой ектении указывается различно; то или иное прошение ектении может иметь от одной до тридцати и более «Господи, помилуй»; в современных славянских и грузинских изданиях богослужебных книг каждое прошение сугубой ектении имеет троекратное «Господи, помилуй», но если она начинается с двух дополнительных прошений, то эти два прошения имеют однократное «Господи, помилуй»; в современных греческих изданиях троекратное «Господи, помилуй» имеют и эти два прошения. Сорокакратное «Господи, помилуй» современные богослужебные книги указывают на последнем возглашении заупокойной (сугубой и малой) ектении (на практике это «Господи, помилуй» поётся однократно). Таким образом, «Господи, помилуй» на сугубой ектении является певческим по происхождению. Сходное происхождение имеет и «Господи, помилуй» на прошениях литии в составе всенощного бдения (а также в составе тех чинопоследований Требника, которые содержат эти прошения). В частности, в славянских и грузинских изданиях богослужебных книг XVII–XIX вв. первые три литийных прошения имеют по сорок, тридцать и пятьдесят «Господи, помилуй» соответственно (оставшиеся два прошения, если они указаны, имеют по три «Господи, помилуй»); в греческих изданиях сорок раз «Господи, помилуй» поётся лишь после четвёртого литийного прошения (остальные имеют по три «Господи, помилуй»). В современных русских изданиях Служебника в связи с исключением из него в XX в. второго из литийных прошений (о Царствующем доме) «Господи, помилуй» на литии поётся по сорок, пятьдесят и дважды по три раза на каждое из четырёх прошений соответственно; в греческой традиции возможны различные варианты. В составе чина воздвижения Креста в праздник Воздвижения Честного и Животворящего креста Господня многократное (от пятидесяти до ста) «Господи, помилуй» первоначально как самостоятельное песнопение исполнялось хором на каждое из возвышений креста предстоятелем; в Иерусалимском уставе к этим многократным «Господи, помилуй» были добавлены прошения, аналогичные прошениям сугубой ектении, что сблизило исполнение «Господи, помилуй» в чине воздвижения с этой ектенией. Самостоятельно «Господи, помилуй» используется в составе опевов в конце разделов («Слав») кафизм и в конце входящих в состав служб суточного круга трёхпсалмий (вместо отсутствующих ектений), вместе с Трисвятым и «Отче наш», в конце служб – до и после отпуста. В составе опевов «Слав» кафизм и в конце трёхпсалмий трёхкратное «Господи, помилуй» следует за трёхкратным «Аллилуия, Аллилуия, Аллилуия, Слава Тебе, Боже» в тех случаях, когда после этой «Славы» или трёхпсалмия нет ектении; вместе со «Слава: И ныне:», которое следует за ним, это «Господи, помилуй» является как бы заменой отсутствующей ектении. Сорокакратное «Господи, помилуй» в качестве замены отсутствующей сугубой ектении читается в заключительной части часов, малого повечерия, каждой из трёх частей великого повечерия, первой части полунощницы (в конце второй части вседневной и субботней полунощницы содержится двенадцатикратное «Господи, помилуй»); в конце изобразительных «Господи, помилуй» может быть как сорокакратным (в будние дни при совершении службы с «Аллилуия» и в особых случаях), так и двенадцатикратным (в прочие дни); сорокакратное «Господи, помилуй» заменяет собой сугубую ектению также и на вечерне и на утрене, когда они оканчиваются по-постовому.