При чтении Трисвятого, если оно продолжается молитвами «Пресвятая Троица:»  и «Отче наш», т.е. в составе общего начала и конечного Триствятого и в заключительных частях всех служб суточного круга (кроме изобразительных и литургии, где «Отче наш» не имеет перед собой Трисвятого, а также утрени с праздничным окончанием, где «Отче наш» отсутствует), «Господи, помилуй» повторяется после «Пресвятая Троица:» трижды. В составе общего начала и конечного Трисвятого «Господи, помилуй» повторяется ещё и двенадцать раз после «Отче наш» (в составе общего начала келейного утреннего и вечернего правила – не сразу после «Отче наш», а вслед за тропарями) – тем самым молитвенное состояние человека как бы усиливается с каждой молитвой (после Трисвятого «Господи, помилуй» нет; после «Пресвятая Троица:» появляется троекратное «Господи, помилуй», после «Отче наш» – двенадцатикратное). При необходимости совершения служб суточного круга без священника «Господи, помилуй» традиционно заменяет собой ектении, которые (как и священнические возгласы) в этом случае не произносятся; мирная и просительная ектении заменяются двенадцатикратным «Господи, помилуй», сугубая – сорокакратным, малая – трёхкратным (священнический возглас всех ектений заменяется на «Слава: И ныне:»). Трёхкратное «Господи, помилуй», заключаемое молитвословиями «Слава: И ныне: Честнейшую Херувим» и «Именем Господним благослови, отче» (при архиерейском богослужении или на подворьях обращение к священнику заменяется обращением к архиерею – даже если он отсутствует), произносится в конце часов, малого повечерия и каждой из трёх частей великого повечерия, первой части полунощницы и служит вступлением к заключительному благословению священника. В составе последовательности из «Слава: И ныне:», трёхкратного «Господи, помилуй» и «Благослови» (или: (титул) «Владыко, благослови»; в дониконовской русской практике эта последовательность состояла из «Слава: И ныне:», двукратного «Господи, помилуй» и «Господи, благослови» «Господи, помилуй» поётся непосредственно перед отпустом (когда он есть). Если после отпуста не положено пение многолетия, оно заменяется троекратным «Господи, помилуй». Исследователи также предполагают влияние формулы «Господи, помилуй» на историю развития Иисусовой молитвы, зародившейся в коптских монастырях и занявшей одно из центральных мест в православной аскетике; многочисленное и многообразное употребление «Господи, помилуй» в составе церковных служб некоторым образом сближает практику непрестанной умной молитвы с регулярным общественным богослужением.