15 июля 1923 г. музею официально передавались Введенская церковь с трапезной, колокольня, несколько корпусов и домов, а также Троицкий собор, южный придел которого музей предоставил верующим. По сообщению губернской комиссии в июне 1924 г., «монастыря как такового не существует, проживающие в нём 13 монахов обслуживают нужды общины верующих района Болдино на добровольных началах». Настоятелем общины был игумен Пафнутий (Ковалёв). В 1929 г. газета «Правда» писала, что «монахи Болдинского монастыря срывают колхозное строительство. Работники болдинского музея Главнауки помогают монахам, сдавая им в аренду имеющуюся при музее землю». Постановлением президиума Западного облисполкома от 11 ноября 1929 г. собор был закрыт, музей переведён в Дорогобуж, реставрационные работы прекращены, в январе 1930 г. главный хранитель музея С.Ф. Бузанов и оставшаяся братия – игумен Пафнутий, иеромонах Силуан (Ткачёв), иеросхимонах Евфимий, иеромонах Варсонофий (Алексеев), иеромонах Маврикий (Корсаков), диакон Досифей (Бобров) – отправлены в ссылку. В соборе были устроены клуб, зернохранилище и склад колхоза «Гигант» (позднее – имени «Комсомольской правды»), во Введенской церкви – сыроваренный завод, в часовне – сепаратор для переработки молока. В 1932 г. были вскрыты и осквернены погребения на территории монастыря, останки сожжены. В первой половине марта 1943 г. при отступлении немецкие войска взорвали Троицкий собор, Введенскую церковь, второй этаж трапезной палаты, колокольню. В 1950 гг. в сохранившихся зданиях разместились учреждения совхоза «Ставково», сыроваренный завод, почта. 14 мая 1990 г. в Тихоновском храме Герасимова Болдинского монастыря состоялось первое богослужение. 31 января 1991 г. решением Священного Синода монастырь был возобновлён, настоятелем назначен игумен (с 1997 г. – архимандрит) Антоний (Мезенцев). В мае 1993 г. Герасимов Болдинский монастырь посетил Патриарх Московский и всея Руси Алексий II. 4 декабря 1997 г., в день праздника Введения во храм Пресвятой Богородицы, митрополит Смоленский Кирилл (Гундяев; в дальнейшем – патриарх) освятил восстановленную трапезную палату и Введенский храм, в котором совершаются регулярные богослужения. В 1999–2001 гг. храм и палаты были расписаны, в бывшем приделе Митрофана устроена ризница. Отреставрированы Тихоновская церковь, просфорня, восстановлены дом настоятеля (1993 г.), ограда с четырьмя башнями (1993 г.), дом, в котором жил П.Д. Барановский, построены деревянная часовня на монастырском кладбище, кирпичный келейный и казначейский корпуса. В 2000 г. был расчищен от руин южный придел взорванного Троицкого собора, в 2005 г. началось его восстановление. Обретённые под руинами собора в июле 2001 г. мощи Герасима находятся в деревянной раке во Введенской церкви, у южной стены. Одновременно были обретены мощи Аркадия Дорогобужского.