Исследователи (Георгий Петрович Федотов, Арсений Петрович Кадлубовский, Руфина Петровна Дмитриева) отмечают, что Герасим стремился установить полное общежитие. К середине XVI в. в Герасимовом Болдинском монастыре проживало 127 человек. Преемником Герасима стал игумен Иосиф Краснописец, автор многих сочинений. При нём монастырь стал крупным книжным центром. Исследователи полагают, что насельником Герасимова Болдинского монастыря был и инок Филофей (Пирогов), автор Жития и канона Нилу Столобенскому. Около 1569 г. монастырь возглавил игумен Антоний, будущий епископ Вологодский. При нём в 1576 г. были переписаны завещание-устав Герасима и его Житие. В конце XVI – начале XVII в. настоятелем был игумен Феоктист, с 1603 г. – архиепископ Тверской. Вкладчиками Герасимова Болдинского монастыря были цари Фёдор Иванович, Борис Фёдорович Годунов, Пётр I Алексеевич, царица Ирина Фёдоровна, бояре Звенигородские, Плещеевы, Пушкины, Салтыковы, Засецкие, князь Василий Михайлович Масальский-Рубец, князь В.Д. Шестунов и др. Уже в 1551 г. упоминается подворье Герасимова Болдинского монастыря в Москве, в Богоявленском переулке. В XVI–XVII вв. монастырь владел подмосковными сёлами Староникольское и Ивановское, более 100 сёлами и деревнями в Дорогобужском и других уездах (в том числе сёлами Клушино, Мутишино, Новосёлки, Орехово, Перстенки, Чёботово, деревнями Высокое, Глагазина, Глупая Гора, Денисьево, Дыхалова, Игнатьева, Козицына, Коржавино, Левонова, Мендерева, Мячково, Полежакино, Полянка, Рагозина, Селиверстова, Семёновская, Синякова, пустошами Алексейкова, Баталова, Булгаковская, Дрыжанова, Камешкина, Липники, Митьково, Панкова, Сазонова), имел подворья в Дорогобуже, Вязьме, Смоленске, Москве. Монастырь владел мельницами, охотничьими и бортными угодьями, скотными дворами, рыбными ловлями. Ко второй половине XVI в. в Герасимовом Болдинском монастыре были книгописная и иконописная мастерские. Написанные братией иконы, в том числе преподобного Герасима, продавали или обменивали в Москве. Братия регулярно приезжала в Москву с «троицкой» водой и подарками. Благодаря крупным царским вкладам с конца XVI в. в монастыре велось каменное строительство, были возведены Троицкий собор, трапезная палата с Введенской церковью, колокольня. С 1617 по 1654 гг. Дорогобужский край находился в составе Польского королевства. Монастырь и его земли были переданы Смоленскому иезуитскому коллегиуму. В XX в. у южной стены Троицкого собора было обнаружено захоронение убиенного в 1647 г. схимника Афанасия (Тиханова). В 1632–1634 гг. монастырский крестьянин Иван Балаш возглавил партизанский отряд, поднял казацко-крестьянское восстание на Смоленщине. После изгнания польско-литовских интервентов в 1655 г. Герасимов Болдинский монастырь был возобновлён, в 1660 г. строителем стал игумен Ефрем (Потёмкин), в 1661 г. – игумен Феодосий, по прошению которого в 1683 г. монастырю были возвращены прежние вотчины: пустошь Отрочино, урочище Холм, две «луки Троицкие». В ответ на прошение игумена Паисия в 1705 г. император Пётр I повелел стольнику Дорогобужа Ивану Фёдоровичу Нелидову выдавать монастырю регулярное жалованье.