В сочинении «Die Lehre Darwins kritisch betrachtet» («Критическое рассмотрение учения Дарвина», 1871 г.) демонстрируется неудовлетворительность механистических объяснений природных процессов и обосновывается телеологический взгляд на природу. Не отказывая дарвиновской теории естественного отбора в научности, И.Н. Губер настаивал на оценке её как всего лишь гипотезы, конкурирующей с телеологическим объяснением происхождения видов, и тем самым отклонял претензии дарвинизма на дискредитацию христианского учения о сотворении мира. В сочинениях «Der alte und der neue Glaube: Ein Bekenntnis von D. Fr. Strauss krit. gewürdigt» («Старая и новая вера: Критическая оценка исповедания Д.Ф. Штрауса», 1873 г.), «Zur Kritik moderner Schöpfungslehren, mit besonderer Rücksicht auf E. Häckels «Natürliche Schöpfungsgeschichte»» («К критике современных теорий творения, в особенности «Естественной истории творения» Э. Геккеля», 1875 г.) и «Die Forschung nach der Materie» («Исследование материи», 1877 г.) вскрывается логическая противоречивость материализма и несостоятельность его претензий на выдвижение новых нравственных ценностей. В брошюрах «Die ethische Frage» («Этический вопрос», 1875 г.), «Die religiöse Frage: Wider Eduard von Hartmann» («Религиозный вопрос: Против Э. фон Гартмана», 1875 г.), «Pessimismus» («Пессимизм», 1876 г.) показана атеистическая основа иррационализма А. Шопенгауэра и Э. фон Гартмана, а их этический пессимизм рассматривается как результат ложной индукции. Особый интерес для исследователей представляет очерк «Zur Christologie» («К христологии»; в книге «Studien» («Исследования»), 1867 г.), в котором И.Н. Губер на основе философского анализа понятия идеала доказывал неубедительность искусственного разделения образа Спасителя на «нравственный идеал» и «исторического Иисуса» и выступал против редукции христианства к секуляризованной «моральной вере». 4. Политическая публицистика, представленная помимо названных сочинений статьёй «Communismus und Sozialismus» («Коммунизм и социализм», 1871 г.) и сочинением «Die Philosophie der Sozialdemokratie» («Философия социал-демократии», 1887 г.), посвящена, главным образом, оценке значения социализма. Исследуя исторические истоки социалистических учений, И.Н. Губер рассматривал их, прежде всего, как духовный феномен, критиковал чрезмерное сосредоточение современных ему идеологов социализма на проблеме собственности и подчёркивал лежащие в его основе религиозно-нравственные устремления. В качестве общественного идеала И.Н. Губер выдвигал «культурное государство» («Kulturstaat»), предоставляющее свободу развитию ассоциаций и других форм взаимопомощи и предотвращающее неравномерное распределение благ в обществе посредством социальных реформ. В то время как влияние философии И.Н. Губера было незначительным, его церковно-политическая деятельность оказала серьёзное воздействие на дальнейшую эволюцию старокатолического движения.