И.Н. Губер участвовал в социально-политических дискуссиях. В сочинении «Der Proletarier: Drei Vorlesungen zur Orientierung in der sozialen Frage» («Пролетарий: Три лекции для ориентирования в социальном вопросе», 1865 г.) он, подхватывая мысли Ф.К. фон Баадера и Фердинанда Лассаля о пролетариате, подверг критике радикальный социализм и коммунизм и противопоставил им проекты организации взаимопомощи рабочих на основе их единения во Христе при одновременном развитии системы государственной социальной помощи. В брошюре «Das Verhältniss der deutschen Philosophie zur nationalen Erhebung» («Отношение немецкой философии к национальному возрождению», 1871 г.) И.Н. Губер с энтузиазмом приветствовал первые шаги к объединению Германии. Стремясь к деятельному участию в решении социальных вопросов, он в 1875 г. выдвинул свою кандидатуру на выборы депутатов в баварский ландтаг, однако его отказ связать себя фракционными обязательствами с баварскими либеральными политическими партиями привёл к конфликту с избирателями и провалу кампании. Неудачи на политическом поприще, утрата популярности среди студенчества и растущая изоляция старокатолических общин способствовали тому, что во второй половине 1870 гг. И.Н. Губер всё меньше участвовал в полемике. Последним опубликованным сочинением стала статья о магии, посвящённая критике теории и практики спиритизма (1878 г.). Незавершённым осталось обширное сочинение «Geschichte des Sozialismus» («История социализма»), над которым он работал в последние годы жизни. Желанию И.Н. Губера изложить свои воззрения в систематической форме не суждено было осуществиться: он скоропостижно скончался от сердечного приступа. Обширное и разнообразное по тематике творческое наследие И.Н. Губера исследователи условно делят на четыре группы. 1. Церковно-политическая публицистика кроме названных сочинений представлена многочисленными газетными статьями и выступлениями на конгрессах старокатоликов. 2. К историко-философским сочинениям исследователи относят монографии о Рене Декарте, отцах церкви, Платоне и Иоанне Скоте Эриугене; сочинение «Über die Willensfreiheit: Eine philosoph. Abhandlung» («О свободе воли: Философское исследование», 1858 г.), где даётся обзор богословских споров о свободе и предопределении от Августина Блаженного до Мартина Лютера и дискуссий о детерминизме в философии Нового времени от Рене Декарта до Георга Вильгельма Фридриха Гегеля; обширный очерк «Die religiöse Aufklärung im achtzenten Jahrhundert» («Религиозное просвещение в XVIII в.»; в книге «Studien» («Исследования»), 1867 г.); статьи о Фелисите Робере де Ламенне, Якобе Бёме и Бенедикте Спинозе в книге «Kleine Schriften: Biogr. Skizzen und kulturhist. Aufsätze» («Малые сочинения: Биографические очерки и культурно-исторические наброски», 1871 г.). 3. Исследователи отмечают, что большинство философских работ И.Н. Губера носит в той или иной степени апологетический характер. Так, в сочинении «Die Idee der Unsterblichkeit» («Идея бессмертия», 1864 г.) опровергаются традиционные материалистические аргументы против бессмертия души и предлагается доказательство бессмертия, исходя из способности человеческого духа к воспроизведению тождества личности.