И.Н. Губер выдвигал тезис, что православие и католицизм – две взаимно уравновешивающие друг друга крайности: «Два направления греческой и латинской церкви, которые мы ясно видим в развитии патристической науки..., взаимно ограничивают друг друга; греческая церковь уберегает римскую от погружения в исключительный верующий эмпиризм; римская же, постигающая христианство, прежде всего, как исторический факт, напротив, удерживает греческую от чересчур дерзновенного философского идеализма, опасного для Евангелия. Таким образом, оба направления, эмпирическое латинское и идеалистическое греческое, взаимно уравновешивают и смягчают друг друга». Столь вольное толкование святоотеческих творений обусловило негативное восприятие книги католической церковью: её внесли в «Индекс  запрещённых книг». Та же участь постигла и непосредственно продолжившее её сочинение И.Н. Губера «Johannes Scotus Erigena: Ein Beitr. zu Geschichte der Philosophie und Theologie im Mittelalter» («Иоанн Скот Эриугена: Из истории философии и богословия в Средние века», 1861 г.) – его наиболее значительное достижение как историка философии, способствовавшее возрождению интереса к наследию Иоанна Скота Эриугены. Эта фундаментальная монография содержит тщательную реконструкцию биографии и подробный анализ философско-богословской системы Иоанна Скота Эриугены, особое внимание в ней уделяется своеобразию переработки Эриугеной неоплатонического наследия в контексте христианского богословия. И.Н. Губер отказался подчиниться церковной власти, вследствие чего студентам-теологам официально было запрещено посещать его лекции. Однако эти обстоятельства не имели существенных негативных последствий для его дальнейшей карьеры. Популярность среди студентов и написанные им книги способствовали успеху И.Н. Губера на университетском поприще. В 1859 г. он стал экстраординарным, а в 1864 г. – ординарным профессором философии и педагогики Мюнхенского университета. Несмотря на конфликт с католической церковью, И.Н. Губер пользовался признанием и покровительством баварских правителей из династии Виттельсбахов: король Максимилиан II, приверженец шеллинговской философии, под впечатлением книги И.Н. Губера об Эриугене заказал ему большую монографию о Ф.В.Й. Шеллинге (замысел не был осуществлён, т.к. после смерти Максимилиана II его наследник король Людвиг II освободил И.Н. Губера от трудоёмкого заказа), престарелый принц Луитпольд и король Людвиг II приглашали его для чтения частных лекций по философии. Параллельно с преподаванием в университете И.Н. Губер писал полемические сочинения, в которых, несмотря на разнообразие тематики, исследователи ясно прослеживают основную философскую интенцию – стремление к созданию мировоззрения, органично соединяющего основы христианской веры с достижениями наук (прежде всего, естествознания и истории).