Согласно владельческой записи 1731 г., в монастыре находился единственный из сохранившихся список путевого дневника митрополита Тобольского и Сибирского Иоанна (Максимовича), написанный силлабическими стихами во время путешествия святителя из Чернигова в Тобольск в 1711 г., известный под названием «Путник» (Российская национальная библиотека). С 1780 по 1856 гг. в боковых помещениях надвратной церкви монастыря находилось училище, сначала общее для всех сословий, с 1803 г. – духовное приходское, с 1827 г. – уездное с бурсой. В 1856 г. училище было переведено в Красноярск. Видными деятелями просвещения были архимандрит Ксенофонт (1820–1849 гг.) и магистр богословия архимандрит Афанасий (ум. в 1860 г.). В 1898 г. при Енисейском в честь Преображения Господня монастыре действовала церковноприходская одноклассная школа для мальчиков. Некоторое время в помещениях надвратной церкви располагалось духовное управление города, возглавлявшееся настоятелем монастыря. По некоторым сведениям, в XIX – начале XX вв. на берегу Монастырского озера близ города Енисейска находился скит Енисейского в честь Преображения Господня монастыря. После 1917 г. братия скита подверглась репрессиям. По преданию, их утопили в озере, сбросив с крутого берега в воду. В XX в. на берег озера совершались паломничества. В 1920 г. Енисейский в честь Преображения Господня монастырь был закрыт и преобразован в Спасскую сельскохозяйственную артель, в которую входили десять человек. В 1923 г. артель была упразднена, как «оплот реакционной общественной мысли», Спасская и Захариевская церкви переданы верующим в качестве приходских, однако церковь святых Захарии и Елисаветы в том же году была закрыта. В Спасском храме продолжал совершать богослужения иеромонах Митрофан (Беляев). К концу 1930 гг. все храмы Енисейска, в том числе Спасский, были закрыты. В 1946–1947 гг. церковь святых Захарии и Елисаветы была уничтожена. В 1961 г. на территории Енисейского в честь Преображения Господня монастыря был построен пивзавод, в келейном корпусе разместился пункт общественного питания, сохранилась музейная комната декабристов, отбывавших ссылку в Енисейске. В 1974 г. Енисейский в честь Преображения Господня монастырь был отнесён к памятникам истории и архитектуры союзного значения, в нём предполагалось устроить музей народов севера. 28 ноября 1990 г. Енисейский в честь Преображения Господня монастырь был возвращён Красноярской и Енисейской епархии РПЦ. 6 декабря того же года Красноярский епископ Антоний (Черемисов) отслужил первый молебен на руинах монастыря. Енисейский в честь Преображения Господня монастырь был возрождён, наместником стал иеромонах Мефодий (Есин; ум. 3 октября 2005 г.), духовником с 1993 г. – иеромонах Севастиан (Ефимов). С 5 октября 2005 г. Енисейский в честь Преображения Господня монастырь возглавляет иеромонах Варахиил (Шерстнёв), в монастыре проживают десять насельников. В Енисейском в честь Преображения Господня монастыре принял постриг иеромонах Григорий (Яковлев), принявший мученическую кончину (обезглавлен в ритуальном убийстве сектантом) в 2000 г. в посёлке Тура (Эвенкийский автономный округ). 7 апреля 1991 г., на Пасху, иеромонах Мефодий (Есин) совершил первую литургию в приделе Спасского храма; 11 мая 2002 г. Красноярский архиепископ Антоний (Черемисов) освятил северный (ранее Иоанно-Предтеченский) придел Спасского храма в честь Преображения Господня. В Енисейском в честь Преображения Господня монастыре хранится чтимый Нерукотворный образ Спасителя, ранее находившийся на деревянной башне Енисейского острога. В 2005 г. монастырю был передан храм во имя Новомучеников Российских (освящён 17 июля 2004 г.) на берегу Монастырского озера.