В 1696 г. насельник Енисейского в честь Преображения Господня монастыря монах Иоаким (Путилов) подал прошение о разрешении строительства часовни на правом берегу Ангары у Кашиной шиверы (порога), в 600 км от Енисейска, и о пожаловании пашни. Вскоре монах Иоаким (Путилов) построил скит, преобразованный затем в Спасскую пустынь, удачно располагавшуюся на промысловых путях. Здесь останавливались торговые и промысловые экспедиции, направлявшиеся к тунгусам. Енисейский в честь Преображения Господня монастырь вёл успешную торговлю с тунгусами, зачастую оказывая им продовольственную помощь. К середине XVIII в. 400 десятин монастырской пашни обрабатывали 396 крестьян: сеяли рожь, овёс, ячмень. В 1762 г. в монастырских амбарах хранилось свыше 9 тыс. пудов зерна, из них около 3 тыс. предназначалось для внутреннего потребления. В 1764 г. Енисейский в честь Преображения Господня монастырь был отнесён к штатным обителям третьего класса с 13 насельниками (настоятель, казначей, четыре иеромонаха, два иеродиакона, четыре послушника), все владения переданы казне. В 1796 г. монастырю были отведены 39 десятин сенокосной земли, из которых 9 находилось в «неудобных местах и болотах», рыбная ловля на реке Енисее, мельница на реке Песчанке. В 1870 гг. каждому насельнику отпускалось из казны от 167 до 191 руб. С конца XVII в. в Енисейский в честь Преображения Господня монастырь ссылали для увещевания раскольников (Государственный архив Красноярского края), с лета 1828 г. по сентябрь 1831 г. в Енисейском в честь Преображения Господня монастыре на тюремном режиме содержался декабрист Николай Сергеевич Бобрищев-Пушкин. В 1764 г. обитель была отнесена к необщежительным монастырям третьего класса. В 1907 г. в Енисейском в честь Преображения Господня монастыре проживали настоятель архимандрит Савва и 15 насельников. Исследователи полагают, что при первом игумене Енисейского в честь Преображения Господня монастыря Варлааме (1649 г.?) была построена деревянная церковь в честь Нерукотворного образа Спасителя. Согласно карте Семёна Ремезова 1701 г., храм был шатровым, с колокольней. В 1735 г. был заложен, а в 1743 (или 1745) г. построен одноимённый каменный собор с трапезной; северный придел Иоанна Крестителя освящён в 1753 г., главный престол храма в честь Нерукотворного образа Спасителя – в 1756 г. Исследователи полагают, что южный придел в честь Покрова Пресвятой Богородицы был освящён около 1753 г., поскольку антиминс для него испрошен одновременно с антиминсом для северного придела в 1750 г. Между 1765 и 1772 гг. была сооружена колокольня, к которой около 1787–1788 гг. пристроены каменные «палатки», сделавшие план западной части собора прямоугольным. Наконец, в 1805–1808 гг. на средства купца Ивана Волкова был сооружён дополнительный южный придел во имя пророка Илии. Первоначальные кровли храма были деревянными, в 1775–1776 гг. покрыты железом. Во время городского пожара 1869 г. они сгорели, но вскоре были восстановлены. Собор стал первой каменной постройкой в Енисейске и регионе после перерыва, связанного с петровским указом 1714 г. о запрете каменного строительства вне Санкт-Петербурга. Композиционно собор подобен первому каменному храму Енисейска – Богоявленскому собору (1709–1712, 1738–1740 гг., сохранился частично). Спасский собор относится к типу восьмерик на четверике; трапезная двухстолпная, с двумя симметричными приделами. Апсиды полуциркульные. Восьмерик перекрыт высокой кровлей с изломом и световым фонарём в завершении.