В 1785 г. на их месте началось строительство каменных ворот с надвратной церковью, оконченное только к 1822 г. Они были частью новой невысокой каменной ограды (1789–1806 гг.), в её северной части, примерно по линии западного фасада собора, были устроены дополнительные ворота. Каменная ограда (около 200 м) охватила только переднюю часть территории монастыря; задняя часть ограды (около 400 м), обновлённая в 1792 г., осталась деревянной. К 1863 г. часть каменной ограды рухнула, а святые ворота оказались «заделанными вовсе по разным неудобствам» – исследователи полагают, что в связи с разбивкой сада на месте окончательно разобранных деревянных построек; главными воротами стали северные. До настоящего времени каменная ограда сохранилась примерно на 80% первоначальной длины. Её волнообразные очертания близки к стилистике тобольского барокко. При архимандрите Данииле (1706–1730 гг.) в Енисейском в честь Преображения Господня монастыре был выстроен деревянный двухэтажный настоятельский корпус, просуществовавший до 1774 г. При архимандрите Иоанникии (1750–1755 гг.) построен новый деревянный настоятельский корпус (сохранялся примерно до 1860 г.). В 1758 г. выстроен деревянный корпус братских келий, в котором также разместилось Енисейское духовное правление, а с 1780 г. – открытое при монастыре духовное училище; он сгорел в 1821 г. Каменные двухэтажные корпуса были сооружены севернее и западнее продолжавших существовать деревянных: в 1794–1796 гг. – настоятельский, в 1803 г. – братский. Их окончательная отделка закончилась в 1826–1827 гг., после чего братский корпус получил название училищного в связи с размещением в нём духовного училища; братия поселилась на верхнем этаже настоятельского корпуса. В 1878 г. превратившийся в «настоящую развалину» училищный корпус был продан на слом. К 2008 г. утрачены все деревянные и каменные постройки, за исключением расположенного вдоль северной стены ограды настоятельского корпуса. Это двухэтажное здание имеет семь осей по длинной стороне и четыре оси по короткой, сводчатые подвалы и деревянную вальмовую кровлю. Фасады сохранили скромный плоскостной декор, переходный от барокко к классицизму. Согласно описи Енисейского в честь Преображения Господня монастыря, составленной в 1765 г., при архимандрите Александре и иеромонахе Иоасафе, между 1756 и 1765 гг. в Спасском храме был поставлен резной позолоченный иконостас с иконами пророка Илии, Казанской Божьей Матери, Святой Троицы, с Нерукотворным образом Спасителя в киоте, написанными местными мастерами (Государственный архив Красноярского края). Иконостас, в котором было семь прясел и семь рядов икон, венчала скульптурная композиция Распятия с предстоящими. В подставе местного ряда, под Нерукотворным образом Спасителя, помещались уникальные иконы: «Христос – защитник пастырей и паствы», «Богоматерь в аллегориях и символах», «Призрение ко всем», «Чин любви к Богу» и другие образа с аллегорическими сюжетами – вклад 1773 г. енисейского купца П. Цыфелева (Государственный архив Красноярского края). В алтаре находилось резное запрестольное Распятие с предстоящими, выполненное тобольским мастером М. Ивановым и позолоченное в 1785 г. Монастырская библиотека к 1863 г. насчитывала около 300 томов богослужебных и богословских книг, в том числе книги, изданные в Молдавии, в Киеве, в Кутеинском в честь Богоявления монастыре: «Евангелие учительное» иеромонаха Кирилла (Транквиллиона-Ставровецкого; 1619 г.), «История преподобных отец Варлаама и Иоасафа» (1637 г.), «Требник Могилёвский» (1646 г.), «Лексикон славяно-русский» (1653 г.).