Апсиды главного и боковых приделов, а также колокольня были изначально увенчаны главками на глухих барабанах; в 1789 г. вместо барабана с главкой над колокольней был сооружён шпиль. Восьмерик колокольни, завершённый ярусом звона, стоит на относительно невысоком четверике притвора. Декор собора нарышкинский: карнизы из кронштейнов-кубиков, завитковые наличники. Западный вход оформлен многопрофильным перспективным порталом, с поясами зубцов, кубышек и парных балясин; его фланкируют две массивные 3/4-ные колонны, увенчанные расходящимися в стороны завитками с двухскатной полочкой над ними; на карнизе, раскрепованном колоннами, установлен киот. Это оформление западного портала почти точно повторяет формы ворот верхотурского во имя святителя Николая Чудотворца монастыря (1752 г.). Архитектуру собора исследователи относят к уральскому варианту нарышкинского стиля; при этом нешатровое завершение колокольни отражает воздействие иркутских и тобольских образцов. В возведении собора могли участвовать каменщики артели Далматовского в честь Успения Пресвятой Богородицы монастыря во главе с Иакинфом Денисовым Стахиевым, построившие в Енисейске собор (1755–1758 гг.; не сохранился) Христорождественской обители (см. Енисейский в честь Иверской иконы Божьей Матери монастырь). Ворота с церковью во имя святых Захарии и Елисаветы и двухэтажными палатками по сторонам возведены в 1785–1796 гг. иждивением архангельского купца Дмитрия Лобанова. С 1817 г. палатки занимало Енисейское духовное правление, в 1822 г. храм был, наконец, освящён. Первоначально в церковь вело открытое деревянное крыльцо, в 1855–1859 гг. оно было заменено западной каменной пристройкой, включавшей лестницы по обеим сторонам ворот. Одновременно были сооружены галереи с трёх сторон храма, в восточной части которых разместились освящённые в 1860 г. приделы в честь иконы Божьей Матери «Всех скорбящих Радость» и во имя святителя. Алексия Московского. Во время пожара 1869 г. церковь пострадала, в 1874–1875 гг. была восстановлена в прежнем виде; храм был снесен в 1946–1947 гг., сохранилась лишь восточная стена ворот. Храм представлял собой небольшой четверик, перекрытый 8-лотковым сводом с небольшим барабаном и главкой. Алтарная апсида была прямоугольной в плане, также с небольшой главкой. Четверик имел фронтончики-полуглавия трёхлопастных очертаний с круглыми окнами. В своде находились световые (по странам света) и слепые (по диагонали) люкарны, близкие к четырёхлопастным очертаниям; исследователи полагают, что они не первоначальные и возникли при перестройке 1855–1859 гг. Церковь имела богатое кирпичное убранство, в несколько упрощённом виде воспроизводившее великолепный декор Троицкой церкви в Енисейске (1772–1776 гг., сохранилась частично) и относившееся к последней фазе развития нарышкинского стиля в его иркутском варианте. Этот этап, когда иркутско-енисейская артель строила храмы на Байкале, в Енисейске, в Красноярске и даже в отдалённом Кузнецке (ныне Новокузнецк), характеризуется сохранением иркутского нарышкинского декора 1740–1760 гг. при одновременном обращении к иконографии тобольских барочных храмов. В церкви Захарии и Елисаветы последнее отразилось в формах завершения. На карте Семёна Ремезова 1701 г. монастырь изображён овальным в плане, ограждённым внушительным заплотом. На плане 1772 г. он имеет форму неправильного многогранника, обращённого к городу северо-восточной и юго-восточной стенами, на стыке которых напротив алтаря собора располагались главные монастырские ворота с башней над ними.