После провозглашения 11 марта 1990 г. независимости Литвы начался новый период в истории ДПЦ в этом регионе. По закону, принятому в ноябре 1989 г., ДПЦ получила статус юридического лица. Конституция Литовской Республики (1992 г.), законы о религиозных общинах и сообществах (1995 г.), о порядке восстановления права религиозных общин на сохранившееся недвижимое имущество (1995 г.) и другие законодательные акты урегулировали отношения между религиозными организациями и государством, предоставили ДПЦ автономию, позволили вернуть имущество и пользоваться им. 22 ноября 1990 г. на общем заседании ВСС и духовной комиссии в Вильнюсе был утверждён устав ДПЦ. В то же время религиозный подъём сопровождался конфликтами из-за финансовых и административных причин в отдельных общинах и в руководстве согласия. 28 июля 1996 г. ВСС созвал в Вильнюсе Собор ДПЦ, в котором приняли участие наставники и делегаты от поморских общин Литвы (36 из 57 общин страны), а также Латвии, Польши и Эстонии, на Соборе было избрано руководство ВСС. Многие влиятельные общины не признали этот Собор. В 1997–1999 гг. в Вильнюсе прошли три внеочередных вселитовских Собора ДПЦ. Жизнь согласия в Литве в 1990 гг. – начала 2000 гг. осложнилась из-за образования в июле 1995 г. на собрании группы поморцев в Клайпеде второго ВСС, получившего государственную регистрацию, однако не признанного частью общин. С феврале 2002 г. духовным центром поморцев Литвы является ВС ДПЦ, при нём действует духовный суд. ВС ДПЦ объединяет 59 старообрядческих общин Литвы (по данным его регистра на 2002 г.). Согласно переписи 2001 г., в стране проживало более 27 тыс. старообрядцев, по данным ВС ДПЦ – 40–45 тыс. В 1990–1995 гг. в Литве было возобновлено восемь храмов, зарегистрированы четыре новые общины, в 1996–2006 гг. был открыт один храм, зарегистрированы две общины. После провозглашения в 1918 г. независимости Эстонии и подписания в 1920 г. Тартуского мира возникла необходимость создания руководящего органа для поморских общин в новообразованном государстве, где, по переписи 1922 г., насчитывалось около 10 тыс. старообрядцев. Начало объединению было положено на общем собрании старообрядцев Причудья, состоявшемся 21 ноябре 1923 г. в молельне деревни Казапель (современная Казепя) Причудской волости, процесс получил продолжение на третьем съезде в 1924 г. 24 апреля 1925 г. собрался съезд наставников и начётчиков с участием 100 представителей от пяти общин. Обсуждались проблемы брака, возможность допущения на клирос состоящих в браке, брадобритие и курение, вопросы церковного пения, статуса наставников, дискутировалась возможность создания Союза общин. В 1924–1926 гг. в Эстонии оформилось 12 старообрядческих приходов (из них две федосеевских). В 1928 г. прошли два съезда, определившие принципы объединения старообрядческих общин Эстонии. 10 февраля на четвёртом съезде в Муствеэ была создана комиссия для разработки устава и основ работы Союза общин. 17–19 июля 1928 г. в Калласте на пятом всеэстонском съезде поморские общины соединились в Союз старообрядческих общин Эстонии, высшей властью в котором по принятому уставу являлся старообрядческий съезд (общее собрание).