После выхода указа о духовных штатах по Юго-Западном краю (1795 г.) монастырь был включён в число заштатных. В 1797 г. в Брестском монастыре была учреждена архимандрития, в сан архимандрита был возведён игумен монастыря Аркадий. Согласно «Истории Российской иерархии» архиепископа Амвросия (Орнатского), к 1811 г. в архитектурный комплекс Брестского монастыря помимо Симеоновского храма входили Благовещенская церковь с трапезой, колокольня, настоятельские и братские кельи. Обители принадлежали 53 десятины земли и мельница. Во время Отечественной войны 1812 г. в Брестском монастыре была сожжена большая часть построек, пострадала Симеоновская церковь, медная рака с мощами Афанасия расплавилась, но частицы мощей уцелели и были помещены в деревянном ковчеге в трапезной Благовещенской церкви. На восстановление обители были отпущены деньги из средств Грозовского и Слуцкого монастырей Слуцкого уезда Минской губернии. Пожар 8 ноября 1816 г. вновь уничтожил почти все монастырские строения, в том числе церковь Симеона Столпника. Во время визита в Брест-Литовск императора Александра I (1823 г.) настоятель Брестского монастыря обратился к нему за помощью в восстановлении храма. Последовала переписка между князем Александром Николаевичем Голицыным и Минским архиепископом Анатолием (Максимовичем). Архиепископ Анатолий так описывал состояние монастырских построек: «Церковь в одной связи с братскими келиями крепкая, колокольня ветхая, иконостас вместо ветхого у(с?)трояется новый, утварью и книгами скуден, монастырское деревянное строение, ограда плавучая, мельница и корчма по крайней ветхости требуют починки»; в двух монастырях Гродненской губернии (Брестском и Бельском) жили 12 монахов. Архиепископ Анатолий указал на то, что закрытие Брестского монастыря в то время, когда униатские и католические храмы находятся в «цветущем состоянии», может произвести на прихожан тягостное впечатление. Несмотря на это, решением Синода Брестский монастырь в 1824 г. был упразднён, Благовещенская церковь обращена в приходскую. Монастырские постройки разобрали в 1833 г. в связи со строительством крепости в старой части Бреста. В 1865 г. в новой части города был воздвигнут Симеоновский собор, в настоящее время являющийся кафедральным храмом Брестской епархии.