После пожара в Брестском монастыре была построена новая церковь Симеона Столпника с приделами во имя первомученика Стефана и во имя великомученицы Варвары. В актах за 1687/1688, 1699 гг. упоминается игумен Брестского монастыря Сильвестр (Троцевич), который внёс в 1699 г. в брестские гродские книги подтвердительный привилей короля Августа II на церковь Рождество-Богородицкого монастыря (подтверждал привилеи в 1633 и 1670 гг.). В том же году игумен Сильвестр представил для записи в гродские книги подтвердительный привилей Августа II Брестского монастыря на земельные владения «Дарки» и мельницу; Брестский монастырь был освобождён от всех повинностей, кроме чинша (регулярного оброка). В начале XVIII в. положение Брестского монастыря было тяжёлым. В 1722 г. «берестинские старцы» наместник Гервасий (Рудницкий) и иеромонах Антоний (Почаевский) обратились за помощью в Святейший Синод Русской православной церкви. Поскольку с 1706 г. в монастыре отсутствовал настоятель, по просьбе братии в Брестский монастырь из Заиконоспасского московского монастыря был переведён игумен Варфоломей (Филевский), который недолго пробыл в монастыре и в 1724 г., несмотря на запрет Киевского архиепископа Варлаама (Ванатовича), самочинно покинул обитель. В 1722 г. наместник Гервасий вёл переписку с Синодом и по другим вопросам: просил ускорить назначение представителя на сейм в сентябре 1722 г., который смог бы отстаивать права православных, попираемые униатами и католиками. Брестские старцы испрашивали также для монастыря богослужебные книги. Вероятно, в том же году оба они посетили Россию. В 1735 г. король Август III даровал Брестскому монастырю подтвердительный привилей на Рождественскую церковь (возможно, к тому времени Рождественский монастырь уже не существовал), владение мельницей с лесами и землями. В 1753 г. игумен Брестского монастыря Иммануил (Белошицкий) перешёл в унию и отдал базилианам часть монастырского архива и принадлежавших монастырю земель. Сменивший его игумен Спиридон (Гриневецкий) начал судебный спор с базилианами: по решению суда монастырские документы и земли должны были быть возвращены Брестскому монастырю, однако часть земель, переданных Белошицким, осталась за базилианами. С 1793 г. Брестский монастырь находился в Минской епархии Русской православной церкви.