Для печатных книг имелся «Систематический каталог книг библиотеки Киевской духовной Академии» (в 2-х тт., Киев, 1890–1892 гг.). Что касается рукописей, то для них были следующие описания: Петров Н.И., «Описание рукописей церковно-археологического музея при Киевской духовной академии» в 3-х выпусках (Киев, 1875–1879 гг.), его же, «Описание книг и рукописей, пожертвованных Е.В. Барсовым» (1868 г.), его же, «Перечень рукописей Антония Шокотова и книг, переданных из Священного Синода» (1880 г.), Березин В., «Описание рукописей Почаевской Лавры, находящихся при Киевской академии» (1881 г.). Библиотека Казанской духовной академии, которая при своем основании (1842 г.) не получила подобно другим академиям книжного наследства, вынуждена была на первых порах пользоваться дарениями других духовно-учебных заведений. Основу библиотеки составили книги, присланные из местной семинарии (1843 г.; 283 названия), из Петербургской (270 названий), Московской (128 названий) и Киевской академий (столько же) и Тверской семинарии (9 названий). Пополнение библиотеки шло сначала очень медленно, преимущественно путем пожертвований. Наиболее крупные пожертвования поступили из Императорской Публичной библиотеки чрез Санкт-Петербургскую духовную академию (1853 г.; 1514 названия библиотеки Залусских), от архиепископа Григория Казанскаго (1850 г.; 674 книги и 1867 г.; 198 рукописей – по духовному завещанию), от его преемника по казанской кафедре – Афанасия (1866 г.; 1348 названий), от монаха Иакинфа Бичурина (1843 г.; 136 названий), от епископа Ковенского Евсевия (1849–1850 г.; 152 названия), от епископа Нижегородского Иакова, от архиепископа Ярославского Нила, от И.Г. Калашникова (1847 г.; 1084 названия), от Н.А. Енгалычева (1858 г.; 1003 названия), от библиотеки бывшего Астраханского архиепископа Афанасия (787 названий), от коллекции тибетских и монгольских книг буддийского содержания (318 названий), от епископа Якутского Мелетия, от библиотеки Н.И. Ильминского (1895 г.) и др. В 1854 г. по настоянию митрополита Григория в библиотеку была передана большая часть книжного собрания Соловецкого монастыря (1513 рукописи и 83 старопечатные книги). В 1899 г. общее количество книг и рукописей было:  29 078 названий в 64 828 томах. Для печатных книг имелся «Систематический каталог книг фундаментальной библиотеки Казанской духовной Академии» (1874 г.) и «Продолжения» к нему (1883 г.). Кроме того, был «Алфавитный указатель» к каталогу и к продолжениям (1883 г.). Что касается рукописей, то в 1877 г. профессор И.Я. Порфирьев начал «Описание рукописей Соловецкого монастыря, находящихся в библиотеке Казанской духовной Академии», но не закончил свой труд. Библиотеки духовных семинарий в большинстве своем обязаны своими богатствами местным архипастырям, которые передавали и завещали им свои книжные собрания. Из них наиболее замечательны следующие. Библиотека Казанской семинарии, обязанная своим сравнительным богатством казанским архиепископам Луке Канашевичу (1738–1755 гг.), Вениамину Григоровичу (1762–1782 гг.) и Амвросию Подобедову (1785–1799 гг.), заботившихся об ее устройстве и снабжавших ее своими пожертвованиями. Особенно обогатилась библиотека как приобретениями, так и пожертвованиями за период с 1797 по 1818 гг., когда семинария была временно преобразована в академию. Но в 1842 г. значительную часть книг она должна была отдать вновь открытой академии. В 1889 г. библиотека имела 4 813 названия, в том числе 78 рукописей (XIV–ХVIII вв.). В 1880 г. И. Горивонтовым был составлен систематический каталог библиотеки. Библиотека Киевской семинарии получила по завещанию митрополита Евгения печатные книги из его библиотеки, кроме того имела собрание рукописей. В «Описании рукописных собраний, находящихся в городе Киеве» Н. Петрова (1892 г.) описана 141 рукопись семинарской библиотеки, – по содержанию преимущественно учебники. Библиотека Черниговской семинарии сформировалась путем пожертвований преимущественно местных преосвященных Кирилла Лящевецкого и Филарета Гумилевского.