Некоторые из них (например, Смоленская) ставили перед собой и научные цели: собирание письменных и вещественных памятников, относящихся к истории епархии. В других епархиях заменой этих библиотек служили библиотеки местных Братств и религиозно-просветительных Обществ. Такова, например, бесплатная духовная библиотека Общества распространения религиозно-нравственного просвещения в духе православной церкви (имела печатный систематический каталог, 1890 г.). Во многих епархиях устраивались, с разрешения преосвященных, окружные или благочиннические библиотеки, которые составлялись за счет сумм, получаемых от духовенства и церквей того или иного благочиннического округа, и назначались для духовенства этого округа. Однако эти библиотеки не везде были одинаково хорошо организованы. В Симбирской епархии в 1879 г. был составлен проект устава благочиннических библиотек, по которому был учрежден, между прочим, особый комитет для составления новых сочинений и по мере их выхода постепенного восполнения систематического каталога книг, относящихся к богословию, как руководства при пополнении библиотек и справочного пособия при пользовании ими. В 1897 г. благочиннеческих библиотек было 956 (в 1878 г. – 656), и только немногие епархии (10) их не имели вовсе. Библиотеки при церквах предназначались как для духовенства, нуждающегося в книжных пособиях при своем учительском служении, так и для паствы, ищущей духовно-назидательного чтения. Еще в 1832 г. Священным Синодом было предписано всем епархиям иметь в библиотеке каждой приходской церкви известные книги. В 1861 г. было подтверждено право приобретать священникам в церковные библиотеки кроме книг, означенных в указе 1832 г., и некоторые другие духовные произведения, изданные впоследствии. Во многих епархиях, по распоряжению преосвященных, были составлены и напечатаны каталоги книг, рекомендуемых преимущественно для приобретения в церковные библиотеки. В 1897 г. церковных библиотек во всех епархиях было 24 165. Сюда же относятся библиотеки для внеклассного чтения при церковно-приходских школах, назначаемые не только для учащихся детей, но и для всего местного населения. В 1897 г. таких библиотек было 10 096, из них 7 972 – при церковно-приходских школах и 2124 – при школах грамоты.