Отсюда, во-первых, установление комплекта студентов и так называемое «прикрепление студентов» к округам, где они получили среднее образование(...); во-вторых, создание при университетах общежитий, на которые при Боголепове были истрачены казной огромные деньги; в-третьих, усиление инспекции во всех высших учебных заведениях помощниками инспектора, из лиц с высшим образованием, с тем, чтобы они несли не только полицейские, но и нравственно-воспитательные обязанности. В преподавании во главу угла были поставлены практические занятия, для усвоения “первоисточников знания”». Н.П. Боголепов уделял основное внимание преобразованию начальной и средней школы, устройству и совершенствованию системы народных школ, считая, что хорошо организованная и слаженная работа учреждений начального и среднего образования создаст предпосылки для успешного преобразования системы университетского образования в России. Однако проектам Н.П. Боголепова не суждено было осуществиться, они не получили поддержки ни со стороны императора, ни от членов правительства. Находился в конфликте с министром финансов Сергея Юльевича Витте, который не скрывал своей неприязни к Н.П. Боголепову и не только не содействовал его реформам, но делал всё, чтобы вынудить его уйти в отставку. Для пресечения студенческих беспорядков Н.П. Боголепов прибегал к жестоким мерам. В учебных заведениях инициировал введение должностей инспекторов и помощников инспекторов, которые были призваны наблюдать за поведением студентов; для того чтобы студенты находились под их контролем и во внеучебное время, Н.П. Боголепов хотел ввести проживание студентов в специальных университетских общежитиях (вместо частных квартир); ратовал за создание литературно-научных кружков, призванных отвлечь студенческую молодёжь от «вредных мыслей». Наконец, была принята идея отдачи бунтующих студентов в солдаты, оказавшаяся роковой лично для Н.П. Боголепова. В начале 1899 г. по университетам прокатились массовые студенческие волнения, спровоцированные жестоким разгоном полицией в Петербурге не носившего никакого политического характера праздничного шествия студентов. При этом Н.П. Боголепов настаивал на самых жёстких репрессивных мерах против студентов и даже ездил к министру внутренних дел Ивану Логгиновичу Горемыкину требовать, чтобы бунтующими студентами занялась полиция, тогда как И.Л. Горемыкин считал, что это дело университетского начальства. Для расследования причин волнений и изыскания способов борьбы со студенческими беспорядками была назначена комиссия под председательством Петра Семёновича Ванновского. Н.П. Боголепов категорически отвергал идеи, что для успокоения студентов необходимо восстановить университетскую автономию и отменить инспекцию; наоборот, он считал необходимым расширение инспекции, а для отвлечения студентов от политики – создание научных кружков под руководством профессоров. В ходе обсуждения мер по борьбе с дальнейшими беспорядками была выдвинута идея отдать бунтующих студентов в солдаты, поддержанная Н.П. Боголеповым. 29 июля 1899 г. по докладу министра внутренних дел царём были утверждены «Временные правила об отбывании воинской повинности воспитанниками учебных заведений, удаляемыми из них за учинение скопом беспорядков». Инициатором издания правил общественное мнение считало Н.П. Боголепова, хотя это было и не так (жена Н.П. Боголепова утверждала, что инициатива исходила от С.Ю. Витте); но в любом случае Н.П. Боголепов был их последовательным приверженцем.