На ректорском посту Н.П. Боголепов пытался бороться со студенческой активностью, чем вызвал ненависть студентов и вражду либеральных профессоров. Главным пунктом противоречий Н.П. Боголепова с профессорами-либералами было их стремление восстановить университетскую автономию, как она существовала при Александре II по уставу 1863 г., тогда как Н.П. Боголепов был последовательным сторонником устава 1884 г., отменявшего всякую автономию. От студентов он получал угрожающие записки, наподобие следующей: «Есть предел всякому терпению... Студенчество ещё не окончательно задавлено. Если будете продолжать действовать, как рьяный государственный чиновник, то берегитесь!... Наступит час...» В 1893 г. подал прошение об отставке с поста ректора университета. До лета 1895 г. Н.П. Боголепов продолжал преподавательскую деятельность на юридическом факультете Московского университета. Летом 1895 г. получил предложение занять должность попечителя Московского учебного округа. Н.П. Боголепов долго колебался и не принимал решения, но письма, уговоры коллег, желавших видеть разумного и честного человека на таком ответственном посту, побудили его ответить согласием на сделанное предложение. С июля 1895 г. Н.П. Боголепов – попечитель Московского учебного округа; в этом же году получил звание заслуженного профессора. Его деятельность на этом посту была направлена, прежде всего, против попыток превращения учебных заведений в центры революционной пропаганды. «Новый энциклопедический словарь Брокгауза и Ефрона» оценивал Н.П. Боголепова-преподавателя следующим образом: «Сложность исторических процессов, связь социального строя с политическими и противоположность классовых интересов не подчёркиваются, однако, в достаточной мере в трудах Боголепова; из чтения их выносится скорее впечатление не о борьбе сил, а о деятельности правообразующей власти, по собственному усмотрению удовлетворявшей народные потребности путём законодательства или управления и тем устранявшей борьбу классов. Вера в силу власти – одна из характерных черт правовоззрения Боголепова. Другая черта – морализирующая тенденция, стремящаяся свести сложные условия деятельности людей, прежде всего, к свойствам нравственного характера, и отсюда подчёркивание необходимости нравственного воспитания личности. Наконец, Боголепову свойственен крайний педантизм в преподавании». В феврале 1898 г. Н.П. Боголепов был назначен министром народного просвещения. Продолжил консервативную политику своего предшественника Ивана Давыдовича Делянова. По оценке «Нового энциклопедического словаря Брокгауза и Ефрона», Н.П. Боголепов стремился бороться с революционным возбуждением в студенческой среде «целой системой утопических, недальновидных мер, свидетельствовавших об узости его политического мировоззрения. Из университетов он хотел сделать почти закрытые учебные заведения, стоящие под неусыпным контролем власти, а на строптивых студентов воздействовал мерами морально-полицейского характера.