Около 1300 г. имела место попытка закрепить членство в коллегиях по наследству. Прочие преподаватели права в Болонье, не являвшиеся членами коллегий, именовались доцентами (от лат. docens – учащий). В 1291 г. папа Николай IV подтвердил действительность выдаваемого архидиаконом Болоньи разрешения на преподавание в любом месте (licentia ubique docendi). Это разрешение выдавалось архидиаконом после выдержанного экзамена и до принятия в коллегию докторов. С ограничением допуска в коллегию докторов происходит разделение licentia и допуска в collegium. Церемония вручения licentia сопровождалась торжественным присуждением докторской степени (doctor legum) в римском, каноническом или обоих правах, но это не означало включения в коллегию докторов. Папа Гонорий III пытался ввести систематическое преподавание теологии в университете, но курс не стал постоянным, тем не менее, в XV в. из числа болонских теологов вышел такой богослов, как Римский папа Николай V. В 1360 г. папа Иннокентий VI закрепил за епископами Болоньи право утверждать докторов и выдавать разрешения на преподавание теологии. Расцвет школы глоссаторов приходится на первую половину – середину XIII в. Помимо «Дигест», «Кодекса» и «Новелл», «Институций Гая» изучалось также ленное право («Liber feudorum»). Ведущими специалистами в области римского права в Больнье в XIII в. были Аццо, автор «Суммы» к «Кодексу Юстиниана» и «Институциям Гая», Аккурсий, Уголино, Одофред. В классический период развития болонской канонистики (вторая половина XIII – середина XIV вв.) прославились Синибальдо деи Фьески (будущий папа Иннокентий IV), Энрико Сузанский, кардинал Остийский, Иоанн Андреа, Бернард из Пармы, составитель глоссы к «Liber Extra», Эгидий из Фускарарий, первый мирянин, занимавшийся каноническим правом, Гвидо Баизио (иначе Архидиакон). Крупнейший канонист XV в. Никколо деи Тудески преподавал в Болонье только краткое время. С начала XVII в. папский кардинал-легат стал единственным постоянным ректором университетов студентов, каждый из которых управлялся отныне своими приорами, избирающимися на месяц. Все расходы по содержанию преподавателей Папское государство брало на себя. В XVII–XVIII вв. из среды болонских студентов-теологов вышло большинство архиепископов Болоньи, а также несколько пап Римских, в частности, Урбан VIII и Бенедикт XIV. В 1641 г. была основана кафедра преподавания арабского и сирийского языков, кафедра преподавания древнееврейского языка появилась в Болонье ещё в 1473 г. В 1796 г. Болонский университет был распущен и вновь восстановлен в 1802 г., но преподавание теологии и канонического права отменили. В 1815 г. была проведена реформа университета, во главе которого по-прежнему стоял ректор, но главным секретарём становился архиепископ Болоньи. Весь университет был разделён на четыре коллегии: теологии, юриспруденции, медицины и хирургии, философии и математики. В 1824 г. буллой папы Льва XII «Quod divina sapientia» Болонскому университету был присвоен статус Папского. В 1860 г. университет был подчинён Управлению высшего образования Итальянского государства, богословский факультет упразднён.