Наиболее известные болонские канонисты раннего периода (вторая половина XII в. – начало XIII в.): Паукапалеа, Орландо Бандинелли (будущий папа Александр III), Стефан Турнейский, Алан Английский, Гугуччо, Иоанн Немецкий, составитель ординарной глоссы (glossa ordinaria), считающейся основной, канонической, в ряду глосс других авторов к «Декрету Грациана». Над собранием папских декреталий в этот период работали Бернард Павийский, Рикард Английский, Танкред, Дамасий. Наиболее значительными учителями римского права (легистами), работавшими в Болонье в конце XII в., были Рогерий, Иоанн Бассиан, Плацентин и Пилий. В начале XIII в. в Болонье было около 1 тыс. студентов-юристов. Результатом постоянно усиливающегося с конца XII в. стремления городской коммуны Болоньи установить контроль над студентами и преподавателями стало появление двух не зависимых друг от друга структур: одна из них объединяла учителей (collegium doctores), вторая – студентов. Последняя и получила название университета (от лат. universitas – объединение). Причём Болонская модель «университета студентов» (universitas scholarium), получившая широкое распространение в Европе, коренным образом отличалась от Парижской модели «университета магистров». Первоначально существовало два университета, в которые входили только студенты, занимающиеся гражданским, каноническим и ленным правом. Первый из них объединял студентов из Италии – цитрамонтанов («живущих по эту сторону гор» (Альп) по отношению к Болонье), второй – из других стран Европы – ультрамонтанов («живущих по ту сторону гор»). Таким образом, возникли университеты юристов, получивших названия университетов цитрамонтанов (universitas scholarium Citramontanorum) и ультрамонтанов (universitas scholarium Ultramontanorum). Доступ в них был закрыт студентам других специальностей: свободных искусств, медицины, теологии, школярам, изучающим ремесло нотариев (ars notariae). Впоследствии в конце XIII – начале XIV вв. студенты, изучавшие риторику (dictators, ars dictaminis), математику, физику, медицину и ars notariae, создали третий университет – университет свободных искусств (universitas artistarum). Ведущее положение в нём занимали медики, кроме того, там не было деления на цитра- и ультрамонтанов. Из университетских объединений были исключены студенты, происходившие из самой Болоньи. Таким образом, университеты с самого начала были объединениями иностранных студентов, что гарантировало невмешательство со стороны коммуны Болоньи и сохранение автономии университета, а также независимость от преподавателей, в отношении которых университет в лице ректора мог применять штрафные санкции в случае недобросовестного исполнения обязанностей. Кроме того, университет гарантировал своим членам безопасность жизни и имущества. Основой сложившегося порядка стали более ранние объединения студентов по землячествам – «нациям» (nationes). Университет юристов-цитрамонтанов объединял 22 «нации», университет ультрамонтанов – 24. Каждый из университетов возглавлялся ректором, как правило, духовным лицом, избранным поочерёдно от каждой «нации», и коллегией советников (collegium consiliarium), состоявшей из избиравшихся на определённый срок представителей всех «наций».