Курс обучения состоял из лекций (lectura) и диспутов (disputationes). Предметом изучения были своды римского и канонического права, вошедшие впоследствии в «Corpus Juris Civilis», текст которых зачитывался частями и комментировался, отмечались близкие и противоположные места, разрешались противоречия. Аргументы можно было заимствовать из текста сводов или же приводить примеры решения подобных дел юристами. Предметом диспутов были казусы, интересные и сложные случаи, взятые, в основном, из судебной практики. Преподаватель излагал суть казуса, а участники диспута должны были привести аргументы «pro et contra» того или иного решения, затем преподаватель комментировал и оценивал аргументацию и выносил решение. Теория, преподавание и практика были неразрывно связаны у болонских легистов и канонистов, они были практикующими юристами. Так, уже «четыре учителя» участвовали как советники императора Фридриха I Барбароссы на рейхстаге в Ронкалье (1158 г.). Болонские юристы консультировали по правовым вопросам как городскую коммуну, так и частных лиц. Исполнение роли арбитров, составление «consilia» (советов) для властей и частных лиц, особенно начиная с XIV в., являлось значительной и доходной побочной деятельностью юристов. Канонисты, практически все клирики, занимали церковные должности (и соответственно подчинялись церковной юрисдикции). Организация студентов и преподавателей до конца XII в. представляла собой свободное объединение (societas) нескольких студентов (socii) вокруг одного преподавателя (dominus, doctor legum, magister decretorum, professor), который обязывался их обучать за определённый гонорар. Это положение было закреплено в 1158 г. привилегией императора Фридриха I «Authentica “Hаbita”», изданной по просьбе «четырёх учителей». Чтоб оградить иностранных студентов от притеснений местного населения, они были взяты под императорскую защиту, им предоставлялась имущественная и судебная независимость: отныне они находились под юрисдикцией их профессора (dominus) или епископа Болоньи. Во второй половине XII в. городская коммуна Болоньи, постепенно усиливая свой контроль за преподавателями, могла через них более эффективно контролировать и студентов. Все преподаватели, не являвшиеся гражданами Болоньи, приносили присягу на верность коммуне, обязывались не преподавать право ни в каком другом городе, кроме Болоньи. В начале XIII в. по этой причине произошло несколько столкновений с преподавателями, в результате некоторые вместе со своими студентами переселились в Виченцу, Ареццо, Падую, где вскоре также возникли университеты. В Болонье оформилась школа изучения канонического права, основателем которой стал Грациан, монах Ордена камальдулов. С его именем связывают появление в 1140 гг. комментированного свода канонического права «Согласование противоречивых канонов» («Concordantia discordantium canonum»). Сборник получил его имя и стал известен как «Декрет Грациана» («Decretum Gratiani»), почти сразу же он был глоссирован (до 1150 г.) и стал использоваться в Болонье для преподавания канонического права. Канонистика отделилась от богословия, составив самостоятельную дисциплину в университетах, что было связано со всё нараставшим процессом рецепции римского права.